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- PDB-4y90: Crystal structure of Triosephosphate Isomerase from Deinococcus r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y90
タイトルCrystal structure of Triosephosphate Isomerase from Deinococcus radiodurans
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TIM Barrel / TPI
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Romero-Romero, S. / Rodriguez-Romero, A. / Fernadez-Velasco, D.A.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia de Mexico166472 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia de Mexico99857 メキシコ
引用ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2015
タイトル: Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
著者: Romero-Romero, S. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Alejandro Fernandez-Velasco, D.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Data collection
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,05426
ポリマ－102,4754
非ポリマー1,57922
水14,988832
1
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,19914
ポリマ－51,2382
非ポリマー96112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
2
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,85512
ポリマ－51,2382
非ポリマー61810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.620, 169.620, 202.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-420-

HOH

21D-448-

HOH

詳細Dimer by Gel Filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 25618.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expression tag: GSH
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: DSM 20539 / JCM 16871 / 遺伝子: tpiA, DR_1339 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9RUP5, triose-phosphate isomerase

-
非ポリマー , 5種, 854分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic pH 5.6, 0.2 M potassium sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月4日
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.133 Å / Num. obs: 64962 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 22.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
CrystalClearデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YYA

1yya


解像度: 2.1→36.133 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1856 3285 5.06 %
Rwork0.1357 --
obs0.1382 64947 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7108 0 87 832 8027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2969948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7372649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13070.24051220.17382575X-RAY DIFFRACTION95
2.1307-2.1640.20661570.16532644X-RAY DIFFRACTION100
2.164-2.19950.21421650.15852658X-RAY DIFFRACTION100
2.1995-2.23740.2171300.14712666X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.27810.24631480.15222665X-RAY DIFFRACTION100
2.2781-2.32190.20161340.14782691X-RAY DIFFRACTION100
2.3219-2.36930.21091190.14522671X-RAY DIFFRACTION100
2.3693-2.42080.19261340.14432681X-RAY DIFFRACTION100
2.4208-2.47710.24571430.14492689X-RAY DIFFRACTION100
2.4771-2.5390.19081360.13632667X-RAY DIFFRACTION100
2.539-2.60760.19281400.13642687X-RAY DIFFRACTION100
2.6076-2.68430.18771680.14132647X-RAY DIFFRACTION100
2.6843-2.7710.21711460.14532678X-RAY DIFFRACTION100
2.771-2.870.2531420.15162680X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.98480.20331570.15312667X-RAY DIFFRACTION100
2.9848-3.12060.20441340.14992684X-RAY DIFFRACTION100
3.1206-3.2850.19881380.13322694X-RAY DIFFRACTION100
3.285-3.49070.17111580.12682698X-RAY DIFFRACTION100
3.4907-3.75990.14861310.11412708X-RAY DIFFRACTION100
3.7599-4.13780.15751470.11042711X-RAY DIFFRACTION100
4.1378-4.73540.13751530.10372697X-RAY DIFFRACTION100
4.7354-5.96180.16011510.13172722X-RAY DIFFRACTION99
5.9618-36.13840.16371320.14962782X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.3282 Å / Origin y: 122.2282 Å / Origin z: 218.2869 Å
111213212223313233
T0.0797 Å20.0067 Å2-0.0015 Å2-0.1193 Å2-0.0178 Å2--0.0951 Å2
L0.0873 °2-0.0749 °2-0.1155 °2-0.0234 °20.0163 °2--0.019 °2
S0.0411 Å °-0.0129 Å °0.0054 Å °-0.0143 Å °-0.0305 Å °0.0054 Å °-0.0089 Å °-0.0035 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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