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万見
- PDB-4y7d: Alpha/beta hydrolase fold protein from Nakamurella multipartita -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y7d
タイトルAlpha/beta hydrolase fold protein from Nakamurella multipartita
要素Alpha/beta hydrolase fold protein
キーワードHYDROLASE / Alpha/beta hydrolase / structural genomics / APC103603 / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha/beta hydrolase fold protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nakamurella multipartita (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Cuff, M.E. / OSIPIUK, J. / Holowicki, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Alpha/beta hydrolase fold protein from Nakamurella multipartita.
著者: Cuff, M.E. / OSIPIUK, J. / Holowicki, J. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
B: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2316
ポリマ－64,1142
非ポリマー1174
水13,043724
1
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1153
ポリマ－32,0571
非ポリマー582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1153
ポリマ－32,0571
非ポリマー582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子

B: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2316
ポリマ－64,1142
非ポリマー1174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+3/2,-y+1,z+1/21
Buried area1400 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.404, 75.394, 126.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase fold protein


分子量: 32056.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nakamurella multipartita (strain ATCC 700099 / DSM 44233 / JCM 9543 / Y-104) (バクテリア)
株: ATCC 700099 / DSM 44233 / JCM 9543 / Y-104 / 遺伝子: Namu_0557 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C8X7A4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris Porpane -NaOH buffer, 1.2 M DL-malic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月16日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→36.1 Å / Num. all: 73782 / Num. obs: 73782 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 2.283 / Net I/av σ(I): 29.442 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 417774
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.68-1.713.40.6361.934580.7860.3860.7481.14595.4
1.71-1.7440.56636160.8620.3160.651.17398.5
1.74-1.774.30.5236340.8880.2780.5921.22599
1.77-1.814.60.42136280.9280.2170.4751.33299.7
1.81-1.854.90.38336350.9380.1910.4291.3899.6
1.85-1.895.30.3336680.9590.1580.3671.45999.5
1.89-1.945.80.26836670.9780.1220.2951.63599.9
1.94-1.9960.22436660.9810.10.2451.72999.9
1.99-2.0560.18736760.9830.0830.2051.87399.9
2.05-2.126.10.16236760.9860.0720.1781.94399.9
2.12-2.196.20.14336900.990.0630.1562.102100
2.19-2.286.20.13336690.9910.0580.1452.139100
2.28-2.386.30.1237010.9910.0520.1322.269100
2.38-2.516.30.10837000.9920.0470.1182.372100
2.51-2.676.40.09837290.9940.0420.1072.485100
2.67-2.876.40.08737120.9940.0380.0952.556100
2.87-3.166.40.07637570.9950.0330.0832.646100
3.16-3.626.40.06337570.9970.0270.0682.84199.9
3.62-4.566.30.05537910.9970.0240.063.37499.8
4.56-505.90.05939520.9960.0260.0655.53198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.68→36.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.068 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 3581 4.9 %RANDOM
Rwork0.1533 69609 --
obs0.1549 69609 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.38 Å2 / Biso mean: 26.598 Å2 / Biso min: 11.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å2-0 Å20 Å2
2--2.99 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→36.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4267 0 4 724 4995
Biso mean--27.57 37.94 -
残基数----577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9676358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.844310227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5745644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26722.407216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97815694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1051551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0631.4212382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0551.422381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6532.1272993
LS精密化 シェル解像度: 1.679→1.723 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 249 -
Rwork0.259 4787 -
all-5036 -
obs--93.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2377-0.0897-0.29290.5916-0.19021.28840.0644-0.11710.02380.0042-0.0489-0.1202-0.08320.0657-0.01550.0956-0.01350.0130.042-0.01990.059425.890531.811269.2672
20.9646-0.06330.37991.3393-0.8441.4337-0.00110.11850.0131-0.0546-0.0003-0.04220.0410.05550.00140.09130.00520.00090.0165-0.00590.037734.13821.285927.2678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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