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万見
- PDB-4y4r: Crystal structure of ribosomal oxygenase NO66 dimer mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y4r
タイトルCrystal structure of ribosomal oxygenase NO66 dimer mutant
要素Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribosomal oxygenase / NO66 / Dimer mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation ...protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation / negative regulation of osteoblast differentiation / iron ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal oxygenase 1, C-terminal winged helix domain / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / Cupin / JmjC domain / JmjC domain profile. ...: / Ribosomal oxygenase 1, C-terminal winged helix domain / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / Cupin / JmjC domain / JmjC domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Ribosomal oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang, C. / Hang, T. / Zang, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the JmjC domain-containing protein NO66 complexed with ribosomal protein Rpl8.
著者: Wang, C. / Zhang, Q. / Hang, T. / Tao, Y. / Ma, X. / Wu, M. / Zhang, X. / Zang, J.
履歴
登録2015年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66
B: Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3075
ポリマ－103,1302
非ポリマー1763
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area37240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.060, 144.210, 144.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66 / 60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase / Histone lysine demethylase NO66 / Myc-associated ...60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase / Histone lysine demethylase NO66 / Myc-associated protein with JmjC domain / Nucleolar protein 66 / hsNO66 / Ribosomal oxygenase NO66 / ROX


分子量: 51565.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 176-525, 541-641 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NO66, C14orf169, MAPJD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0M ammonium monohydric phosphate, 0.1M acetate pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→64.58 Å / Num. obs: 27284 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMdata processing
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 3.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 23.085 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27096 1372 5 %RANDOM
Rwork0.21708 ---
obs0.21973 25870 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å2-0 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---2.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7072 0 6 4 7082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.9649875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.848315474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8785885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86722.865363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.54151140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3041572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.9469.893553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.9489.8893551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.47514.8294433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.47414.8314434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.11710.2193705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.11610.2173706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.91915.1835443
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.87178.0088199
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.87178.038193
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 104 -
Rwork0.292 1811 -
obs--97.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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