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- PDB-4y4h: Crystal structure of the mCD1d/GCK152/iNKTCR ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y4h
タイトルCrystal structure of the mCD1d/GCK152/iNKTCR ternary complex
要素
  • (Chimeric TCR ...) x 2
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC-fold / Ig-fold / glycolipid antigen presentation / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / late endosome / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / endosome membrane / lysosome / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...: / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-49X / T cell receptor alpha variable 11 / Beta-chain / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Yu, E.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI074952 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural modifications of alphaGalCer in both lipid and carbohydrate moiety influence activation of murine and human iNKT cells
著者: Birkholz, A. / Nemcovic, M. / Yu, E.D. / Girardi, E. / Wang, J. / Khurana, A. / Pauwels, N. / Franck, R.W. / Tsuji, M. / Howell, A. / Calenbergh, S. / Kronenberg, M. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
D: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
H: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,04416
ポリマ－188,7518
非ポリマー3,2938
水00
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
D: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1248
ポリマ－94,3764
非ポリマー1,7484
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
H: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain/ human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9208
ポリマ－94,3764
非ポリマー1,5454
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.417, 150.379, 102.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 279
2111E1 - 279
1121B1 - 99
2121F1 - 99
1131C1 - 205
2131G1 - 205
1141D1 - 240
2141H1 - 240

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.997043, 0.041398, 0.064737), (-0.041125, -0.999139, 0.005554), (0.064912, 0.002876, 0.997887)40.811939, -36.778488, -2.33907
3given(1), (1), (1)
4given(-0.995314, 0.056389, 0.078557), (-0.057122, -0.998342, -0.007124), (0.078025, -0.011578, 0.996884)40.958801, -36.31078, -3.08952
5given(1), (1), (1)
6given(-0.999613, 0.002857, 0.027687), (-0.003041, -0.999974, -0.006609), (0.027667, -0.00669, 0.999595)40.280251, -37.932919, -1.69107
7given(1), (1), (1)
8given(-0.999839, 0.007597, 0.016282), (-0.007633, -0.999969, -0.002158), (0.016265, -0.002281, 0.999865)40.230671, -37.58942, -1.03432
9given(1), (1), (1)
10given(-0.997757, 0.049491, 0.045079), (-0.050664, -0.998396, -0.025261), (0.043757, -0.027488, 0.998664)41.594681, -35.80098, -3.00205

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain, UNP residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pBACpHp10 / 詳細 (発現宿主): dual promotor
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pBACp10pH / 詳細 (発現宿主): dual promotor
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01887

-
Chimeric TCR ... , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質 Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain/ human constant domain) / Protein Trav11d / Human nkt tcr beta chain


分子量: 23055.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 遺伝子: Trav11, Trav11d, HDCMA22P / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A0A0B4J1J9*PLUS
#4: タンパク質 Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain/ human constant domain) / Beta-chain / T-cell receptor beta-2 chain C region


分子量: 27026.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 遺伝子: TRBC2, TCRBC2 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A2NTY6*PLUS

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-49X / (1R)-1,5-anhydro-1-{(1E,3S,4S,5R)-4,5-dihydroxy-3-[(8-phenyloctanoyl)amino]nonadec-1-en-1-yl}-D-galactitol / GCK152


分子量: 677.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H67NO8

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細TCR alpha chain (chain C): ...TCR alpha chain (chain C): MKTQVEQSPQSLVVRQGENCVLQCNYSVTPDNHLRWFKQDTGKGLVSLTVLVDQKDKTSNGRYSATLDKDAKHSTLHITATLLDDTATYICVVGDRGSALGRLHFGAGTQLIVI (murine variable domain) PDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS (human constant domain) TCR beta chain (chain D): MEAAVTQSPRNKVAVTGGKVTLSCNQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLILELATPSQTSVYFCASGDEGYTQYFGPGTRLLVLEDLRNVTPPKVSLFEPSK (murine variable domain) AEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYSLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRA (human constant domain)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 4000, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 42694 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 2.686 / Net I/av σ(I): 21.504 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 163518
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.1540.59921681.331100
3.15-3.2140.52221311.361100
3.21-3.2740.42721571.405100
3.27-3.3440.33721031.53100
3.34-3.4140.3121461.681100
3.41-3.4940.26421441.816100
3.49-3.584.10.23521361.971100
3.58-3.6840.21421152.08599.9
3.68-3.7840.18521642.2799.9
3.78-3.9140.17121212.46899.9
3.91-4.043.90.1521422.74899.7
4.04-4.213.90.12821473.01599.9
4.21-4.43.80.11321373.48899.8
4.4-4.633.70.09321153.58599.6
4.63-4.923.70.0921253.76399.1
4.92-5.33.70.09421583.98699.3
5.3-5.833.60.09921024.13299.1
5.83-6.673.60.09321494.05199.3
6.67-8.393.40.07121334.38298.4
8.39-4030.04921014.47495.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0104精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 3.1→38.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 20.31 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2868 1334 3.1 %RANDOM
Rwork0.2423 ---
obs0.2438 41334 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 219.11 Å2 / Biso mean: 71.077 Å2 / Biso min: 28.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0 Å20.12 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→38.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12247 0 222 0 12469
Biso mean--72.29 --
残基数----1608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02112824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.94317546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.67351596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66424.311573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.498151765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0741558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219965
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1992TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A1992TIGHT THERMAL11.150.5
2B719TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B719TIGHT THERMAL10.410.5
3C1514TIGHT POSITIONAL0.040.05
3C1514TIGHT THERMAL4.240.5
4D1828TIGHT POSITIONAL0.040.05
4D1828TIGHT THERMAL4.360.5
LS精密化 シェル解像度: 3.104→3.184 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 85 -
Rwork0.312 2716 -
all-2801 -
obs--89.2 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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