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- PDB-4y49: Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase (ppGpp) N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y49
タイトルCrystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase (ppGpp) NatE in complex with a bisubstrate
要素
  • (N-terminal acetyltransferase A complex subunit ...) x 2
  • ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
  • N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
キーワードTRANSFERASE / N-terminal acetyltransferase / NatE / ppGpp / bisubstrate
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone / peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity ...cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone / peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / Opioid Signalling / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / NatA complex / Androgen biosynthesis / regulation of appetite / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / Glucocorticoid biosynthesis / regulation of glycogen metabolic process / mitotic sister chromatid cohesion / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / neuropeptide signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Endogenous sterols / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Peptide ligand-binding receptors / secretory granule / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor binding / calcium-mediated signaling / G-protein activation / hormone activity / regulation of blood pressure / cell-cell signaling / ribosome binding / glucose homeostasis / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / secretory granule lumen / signaling receptor binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Opiodes neuropeptide / Pro-opiomelanocortin N-terminal / : / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / Corticotropin ACTH domain ...Opiodes neuropeptide / Pro-opiomelanocortin N-terminal / : / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / Corticotropin ACTH domain / Corticotropin ACTH domain / : / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-acetyltransferase Ard1-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Tetratricopeptide repeats / Aminopeptidase / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / CARBOXYMETHYL COENZYME *A / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / Pro-opiomelanocortin / N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / N-alpha-acetyltransferase NAT5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Dong, J. / Wang, S. / York, J.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase (ppGpp) NatE in complex with a bisubstrate
著者: Dong, J. / Wang, S. / York, J.D.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
B: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
E: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
G: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
H: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
I: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
K: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
M: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
N: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
O: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
Q: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,30921
ポリマ－442,59412
非ポリマー6,7159
水00
1
A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
B: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
E: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,7707
ポリマ－147,5314
非ポリマー2,2383
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
H: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
I: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
K: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,7707
ポリマ－147,5314
非ポリマー2,2383
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
N: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
O: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
Q: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,7707
ポリマ－147,5314
非ポリマー2,2383
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.723, 146.486, 254.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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N-terminal acetyltransferase A complex subunit ... , 2種, 6分子 AGMCIO

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / NatA complex subunit NAT1 / Amino-terminal / alpha-amino / acetyltransferase 1


分子量: 99084.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12945
#3: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 / NatA complex subunit NAT5


分子量: 19753.727 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08689, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 BHNEKQ

#2: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / NatA complex subunit ARD1 / Arrest-defective protein 1


分子量: 27635.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07347, EC: 2.3.1.88
#4: タンパク質・ペプチド ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA


分子量: 1058.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01189*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#5: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4
#6: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3S
#7: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% Jeffamine ED-2001 pH 7.0, 0.1 M imidazole, pH 6.2
PH範囲: 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→49.63 Å / Num. obs: 36307 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.95→4.09 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.95→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.864 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 222.871 / SU ML: 1.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.42087 1799 5 %RANDOM
Rwork0.35478 ---
obs0.35796 34284 96.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.71 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3---26.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.95→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19706 0 414 0 20120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01920248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0219063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8691.89327866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.249342580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.57953233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.60922.754472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.791151293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.171542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.23333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0225800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it00.213077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other00.213075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it00.316254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other00.316255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it00.27171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other00.27170
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other00.311612
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined01.70723335
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other01.70723336
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.012339311
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0539033
LS精密化 シェル解像度: 3.949→4.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.577 103 -
Rwork0.401 1941 -
obs--74.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.4612 Å / Origin y: 43.9326 Å / Origin z: 544.642 Å
111213212223313233
T2.0912 Å20.017 Å20.0177 Å2-0.9986 Å20.0026 Å2--0.0022 Å2
L0.0272 °20.0678 °20.0296 °2-0.177 °20.0628 °2--0.0504 °2
S-0.0055 Å °0.0019 Å °-0.0039 Å °-0.0144 Å °0.0068 Å °-0.0099 Å °-0.0105 Å °0.0018 Å °-0.0013 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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