PDB-4y2f: CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE GAF DOMAIN of POTASSIUM SENSOR HISTID...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y2f

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE GAF DOMAIN of POTASSIUM SENSOR HISTIDINE KINASE KDPD FROM ESCHERICHIA COLI

要素

Sensor protein KdpD

キーワード

TRANSFERASE / GAF-domain

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / cellular response to potassium ion / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.396 Å

データ登録者

Kumar, S. / Yernool, D.A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE GAF DOMAIN of POTASSIUM SENSOR HISTIDINE KINASE KDPD FROM ESCHERICHIA COLI
著者: Kumar, S. / Yernool, D.A.

履歴

登録	2015年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y2f.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y2f.ent.gz	54 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y2f_validation.pdf.gz	419 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y2f_full_validation.pdf.gz	420 KB	表示
XML形式データ	4y2f_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4y2f_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/4y2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/4y2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qpr-1 6ljb-d 4fqb-2 4cp3-d 4eqa-1 5mw6-d 4nz7-d 6cau-d 4fgi-4 3o65-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (10) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sensor protein KdpD

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sensor protein KdpD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.250, 57.540, 61.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-873- HOH

#1: タンパク質	Sensor protein KdpD 分子量: 16326.551 Da / 分子数: 1 / 断片: GAF domain (UNP residues 515-646) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: kdpD, b0695, JW0683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21865, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.0 - 6.5 / PH範囲: 6.0 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→28.77 Å / Num. obs: 24876 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 14.1 % / R_sym value: 0.73 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.396→1.446 Å / 冗長度: 13.9 % / R_sym value: 1.96 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev-2313_1839: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.396→30.058 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2048	1983	7.97 %	Random
R_work	0.1811	-	-	-
obs	0.183	24874	97.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.396→30.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1085	0	0	173	1258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.665	415
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	176
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	200

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.396-1.4309	0.415	135	0.3366	1571	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4309-1.4696	0.2884	137	0.289	1610	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4696-1.5129	0.2886	135	0.2402	1572	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5129-1.5617	0.2326	142	0.2083	1605	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5617-1.6175	0.2496	136	0.2127	1581	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6175-1.6823	0.2171	138	0.2044	1629	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6823-1.7588	0.2312	142	0.1947	1598	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7588-1.8515	0.2127	141	0.1824	1649	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8515-1.9675	0.2073	144	0.1794	1609	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9675-2.1194	0.2138	140	0.1732	1658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1194-2.3326	0.2221	149	0.1717	1671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3326-2.6699	0.2135	144	0.1709	1666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6699-3.3631	0.1657	149	0.1648	1688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3631-30.065	0.1833	151	0.1714	1784	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8682	0.3242	0.7867	1.2658	1.9705	7.1699	-0.3681	-0.1033	0.2046	0.4748	-0.1076	0.5238	-0.1742	0.1406	0.2707	0.298	0.0305	0.0656	0.1546	-0.0239	0.2496	6.1252	26.9602	44.734
2	3.6771	-0.0958	1.3753	3.5299	-0.4899	7.5094	0.0283	-0.6252	-0.1956	0.6227	-0.0529	0.1015	0.3387	-0.1887	-0.1403	0.2409	-0.0071	0.0325	0.201	0.0277	0.1116	7.9711	12.0438	50.2291
3	7.2789	-5.6082	3.8342	6.3402	-3.902	3.5505	-0.0338	-0.3304	-0.2541	0.0406	0.5778	-0.162	-0.1471	-0.9717	-0.4928	0.2269	-0.0181	-0.0349	0.2793	0.0167	0.2608	2.1556	6.2564	44.1325
4	1.9341	-0.489	-0.8229	5.4624	0.7664	6.0121	-0.0573	-0.2398	-0.1525	0.3491	0.0246	-0.2526	0.3073	0.2798	0.0542	0.131	0.0222	-0.0259	0.1622	0.0269	0.1838	17.6035	6.3844	43.8744
5	1.6313	-0.3878	0.9254	3.2168	1.3879	3.5781	-0.0093	-0.052	0.0058	0.1517	0.0648	-0.2468	0.0116	0.1105	-0.0462	0.1047	0.0038	0.0077	0.1141	0.009	0.1182	14.2831	12.4802	42.5572
6	4.3855	6.1274	-4.2435	8.707	-6.0058	4.3528	0.0674	0.4535	-0.2585	-0.3096	0.1034	-0.0792	0.4441	-0.2677	-0.2146	0.1702	0.0015	-0.004	0.19	-0.019	0.1439	8.9041	14.4387	27.9467
7	1.3892	-0.3911	-0.2228	3.0674	0.4943	2.0506	-0.0383	-0.2605	0.0201	0.5652	0.0676	-0.2013	-0.2865	0.1501	0.0017	0.183	0.0065	-0.0363	0.1527	0.0028	0.1215	15.274	23.3643	46.2481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 543 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 544 through 560 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 561 through 571 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 572 through 591 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 592 through 616 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 617 through 624 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 625 through 653 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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