PDB-4y1r: SAV1875-cysteinesulfonic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1r

タイトル

SAV1875-cysteinesulfonic acid

要素

(Uncharacterized protein SAV1875) x 2

キーワード

HYDROLASE / DJ-1/PFPI/THIJ FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Structural and functional insight into the different oxidation states of SAV1875 from Staphylococcus aureus
著者: Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

履歴

登録	2015年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1r.cif.gz	144.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1r.ent.gz	113.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y0nSC 4y1eC 4y1fC 4y1gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wd7-2 2w3h-d 3wg1-d 4lzp-1 2hmv-d 6chk-d 2iz7-d 5eb3-d 5glz-2 4pyr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein SAV1875

B: Uncharacterized protein SAV1875

39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.429, 94.715, 42.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein SAV1875 分子量: 19771.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1875 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0K0
#2: タンパク質	Uncharacterized protein SAV1875 分子量: 19755.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1875 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0K0
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PPG400, Bis-Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 39845 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.059 / Χ²: 2.565 / Net I/av σ(I): 72.338 / Net I/σ(I): 23.5 / Num. measured all: 470168

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	7.6	0.236	1657	0.973	0.089	0.253	1.386	83.1
1.68-1.71	8.1	0.222	1804	0.978	0.08	0.237	1.476	90.2
1.71-1.74	8.8	0.194	1882	0.986	0.067	0.206	1.604	95.1
1.74-1.78	10.5	0.18	1966	0.988	0.057	0.19	1.643	98.4
1.78-1.82	12.2	0.155	1992	0.993	0.045	0.162	1.739	99.9
1.82-1.86	12.2	0.136	2008	0.995	0.04	0.142	1.816	100
1.86-1.9	12.2	0.124	1981	0.995	0.037	0.13	1.941	100
1.9-1.96	12.3	0.103	2037	0.996	0.03	0.108	2.117	100
1.96-2.01	12.5	0.088	2011	0.997	0.026	0.092	2.303	100
2.01-2.08	12.7	0.079	1970	0.998	0.023	0.083	2.47	100
2.08-2.15	12.8	0.073	2037	0.998	0.021	0.076	2.583	100
2.15-2.24	13	0.065	2013	0.999	0.019	0.068	2.639	100
2.24-2.34	13.2	0.062	2005	0.999	0.018	0.065	2.709	100
2.34-2.46	13.2	0.059	2031	0.999	0.017	0.061	2.829	100
2.46-2.62	13	0.056	2043	0.999	0.016	0.058	2.993	100
2.62-2.82	12.8	0.053	2045	0.999	0.015	0.055	3.125	100
2.82-3.11	12.5	0.054	2029	0.999	0.016	0.056	3.607	100
3.11-3.55	11.6	0.051	2087	0.999	0.015	0.054	4.082	99.9
3.55-4.48	11.7	0.046	2076	0.999	0.014	0.048	3.745	99.9
4.48-40	11.4	0.037	2171	0.998	0.012	0.039	2.82	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y0N

4y0n

解像度: 1.65→25.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.737 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21717	1993	5 %	RANDOM
R_work	0.19012	-	-	-
obs	0.19147	37806	98.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2613	0	0	114	2727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.965	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.15	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.543	25.802	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.514	15	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.719	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.303	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.021	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.647→1.689 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	111	-
R_work	0.21	2236	-
obs	-	-	83.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4965	0.1983	0.017	0.7343	-0.1896	0.1405	0.0071	-0.0224	-0.0388	-0.039	0.0037	-0.019	-0.0052	-0.0083	-0.0108	0.0436	-0.0039	0.0029	0.0819	0.0062	0.0763	4.628	18.097	18.737
2	0.829	1.0818	0.0562	1.4368	0.076	0.0196	-0.2565	0.1602	0.0063	-0.3039	0.241	0.001	-0.0077	0.0091	0.0155	0.1398	-0.0579	-0.0096	0.1348	-0.0019	0.054	17.509	41.119	5.713
3	0.6393	0.6258	-0.1055	0.8472	-0.2323	0.1089	-0.0317	-0.0297	0.0141	-0.0389	0.0286	0.017	-0.0255	-0.0146	0.0031	0.0636	-0.0067	0	0.0676	-0.0048	0.0759	8.157	29.134	16.639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	201 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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