PDB-4y1f: SAV1875-E17D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1f

タイトル

SAV1875-E17D

要素

Uncharacterized protein SAV1875

キーワード

HYDROLASE / DJ-1/PFPI/THIJ FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Structural and functional insight into the different oxidation states of SAV1875 from Staphylococcus aureus
著者: Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

履歴

登録	2015年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1f.cif.gz	141.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1f.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y1f_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y1f_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	4y1f_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	4y1f_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y0nSC 4y1eC 4y1gC 4y1rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y1e-d 2p5q-1 7acf-1 2j59-6 2gbp-d 4rxm-2 1glg-d 1b4l-1 2p5q-2 5glz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein SAV1875

B: Uncharacterized protein SAV1875

39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.313, 94.150, 42.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein SAV1875 分子量: 19741.889 Da / 分子数: 2 / 変異: E17D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1875 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0K0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PPG400, Bis-Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 30762 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 4.153 / Net I/av σ(I): 58.176 / Net I/σ(I): 26.8 / Num. measured all: 221449

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	8.2	0.163	1544	0.988	0.061	0.174	2.891	100
1.83-1.86	8.1	0.148	1490	0.989	0.056	0.159	3.008	100
1.86-1.9	8.1	0.137	1520	0.991	0.052	0.147	3.091	100
1.9-1.94	7.9	0.125	1535	0.992	0.048	0.134	3.322	100
1.94-1.98	7.9	0.108	1519	0.994	0.042	0.116	3.581	100
1.98-2.03	7.7	0.102	1536	0.994	0.04	0.109	3.764	100
2.03-2.08	7.7	0.095	1521	0.995	0.037	0.102	3.954	99.9
2.08-2.13	7.6	0.09	1528	0.995	0.036	0.097	4.046	100
2.13-2.2	7.5	0.085	1527	0.995	0.034	0.092	4.313	99.9
2.2-2.27	7.5	0.079	1532	0.995	0.032	0.085	4.269	100
2.27-2.35	7.4	0.079	1556	0.996	0.031	0.085	4.397	100
2.35-2.44	7.3	0.075	1514	0.996	0.03	0.081	4.469	100
2.44-2.55	7.3	0.073	1544	0.995	0.029	0.079	4.607	100
2.55-2.69	7.2	0.07	1546	0.995	0.028	0.075	4.725	100
2.69-2.86	7	0.066	1551	0.996	0.027	0.072	4.823	100
2.86-3.08	6.7	0.064	1549	0.996	0.027	0.069	4.988	99.9
3.08-3.39	6.1	0.061	1557	0.995	0.027	0.067	5.229	99.7
3.39-3.88	5.7	0.058	1584	0.994	0.028	0.065	5.213	99.6
3.88-4.88	5.5	0.055	1561	0.993	0.027	0.062	4.976	97.9
4.88-40	5.8	0.056	1548	0.994	0.026	0.063	4.888	90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y0N

4y0n

解像度: 1.8→29.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.45 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22444	1546	5 %	RANDOM
R_work	0.19393	-	-	-
obs	0.19549	29169	99.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.534 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2619	0	0	68	2687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.966	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.987	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.691	25.781	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.551	15	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.538	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.021	0.021	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.798→1.844 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	94	-
R_work	0.213	1961	-
obs	-	-	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6982	0.1921	-0.0265	0.787	-0.1589	0.1961	-0.0033	-0.0126	-0.0212	-0.0435	0.0036	0.0015	0.0032	0.0049	-0.0004	0.0356	-0.0078	0.0022	0.0357	0.007	0.0638	4.454	18.06	18.747
2	0.6285	0.6632	-0.0535	0.8463	-0.0095	0.5851	-0.1688	0.0831	0.0617	-0.1483	0.1695	-0.0136	0.0682	-0.06	-0.0007	0.085	-0.0294	-0.0237	0.0979	-0.0181	0.0839	17.301	41.205	5.458
3	0.6998	0.496	-0.1827	0.5704	-0.1468	0.1091	-0.0421	-0.0062	-0.0087	-0.0122	0.0199	0.0213	-0.0302	0	0.0222	0.0375	-0.0083	0.003	0.0389	0.005	0.0685	8.819	28.691	16.095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 240
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	201 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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