PDB-4y0j: H/D exchanged human carbonic anhydrase II pH 6 room temperature n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y0j

タイトル

H/D exchanged human carbonic anhydrase II pH 6 room temperature neutron crystal structure.

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / neutron / proton transfer / H/D exchanged

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fisher, S.Z.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Joint neutron crystallographic and NMR solution studies of Tyr residue ionization and hydrogen bonding: Implications for enzyme-mediated proton transfer.
著者: Michalczyk, R. / Unkefer, C.J. / Bacik, J.P. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Kovalevsky, A.Y. / McKenna, R. / Fisher, S.Z.

履歴

登録	2015年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月13日	Group: Database references
改定 2.0	2018年4月4日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / diffrn_source ...atom_site / diffrn_source / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2018年11月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y0j.cif.gz	119 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y0j.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y0j_validation.pdf.gz	330.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y0j_full_validation.pdf.gz	330.2 KB	表示
XML形式データ	4y0j_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	4y0j_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/4y0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/4y0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q49C 1tbtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nno-d 6yzu-d 1yo2-d 4m2u-d 2q1b-d 3m5t-d 3dvb-d 1caj-d 1cvd-d 6yzv-d 5amg-d 1tb0-d 4zx0-d 5sz6-d 4mdm-d 3n3j-d 1tbt-d 1ca3-d 5u0d-d 6oto-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.750, 41.680, 72.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29070.785 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-260 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験	手法: 中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Large drops 500 microliters in 9-well glass plate in sandwich box set-up. Crystals took 3 months to grow to maximal size. Temp details: ambient

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来: NUCLEAR REACTOR / サイト:

LANSCE

/ ビームライン: PCS / 波長: 0.7 - 6.5

検出器

タイプ: 3He-position sensitive detector. / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月1日

放射

モノクロメーター: None / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.7	1
2	6.5	1

反射

解像度: 2→20 Å / Num. obs: 13799 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.228 / Net I/σ(I): 4.5

反射シェル

解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 70

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
d*TREK	データ削減
CNS	精密化
Coot	モデル構築
CNS	位相決定
SCALA	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tbt

1tbt

解像度: 2→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	-	-	random
R_work	0.263	-	-	-
obs	-	13799	82 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2494	0	1	139	2634

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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