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- PDB-4xzz: Structure of Helicobacter pylori Csd6 in the ligand-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xzz
タイトルStructure of Helicobacter pylori Csd6 in the ligand-free state
要素Conserved hypothetical secreted protein
キーワードHYDROLASE / Csd6 / cell shape / L / D-carboxypeptidase / Helicobacter pylori / HP0518 / flagellin / peptidoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Cell-shape determining Csd6 N-terminal dimerization domain / : / Cds6 C-terminal NTF2-like domain / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Conserved hypothetical secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Kim, H.S. / Im, H.N. / Yoon, H.J. / Suh, S.W.
資金援助 韓国, 米国, 6件
組織認可番号国
National Research Foundation2013R1A2A1A05067303 韓国
Korea Ministry of Health, Welfare & Family AffairsA092006 韓国
Korea Ministry of Education2012-039930 韓国
Korea Ministry of Education2014R1A1A3A04050250 韓国
The Ministry of Science, ICT and Future Planning, and the National Research Foundation2011-0028885 韓国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI090348 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Cell Shape-determining Csd6 Protein from Helicobacter pylori Constitutes a New Family of l,d-Carboxypeptidase
著者: Kim, H.S. / Im, H.N. / An, D.R. / Yoon, J.Y. / Jang, J.Y. / Mobashery, S. / Hesek, D. / Lee, M. / Yoo, J. / Cui, M. / Choi, S. / Kim, C. / Lee, N.K. / Kim, S.J. / Kim, J.Y. / Bang, G. / Han, ...著者: Kim, H.S. / Im, H.N. / An, D.R. / Yoon, J.Y. / Jang, J.Y. / Mobashery, S. / Hesek, D. / Lee, M. / Yoo, J. / Cui, M. / Choi, S. / Kim, C. / Lee, N.K. / Kim, S.J. / Kim, J.Y. / Bang, G. / Han, B.W. / Lee, B.I. / Yoon, H.J. / Suh, S.W.
履歴
登録2015年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32017年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical secreted protein
B: Conserved hypothetical secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5585
ポリマ－79,2822
非ポリマー2763
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area30360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.963, 91.028, 127.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical secreted protein / Csd6


分子量: 39641.035 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 13-330 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 遺伝子: C694_02665, HP_0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25255
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.401 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 % / 解説: rod shape
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5%(v/v) Tacsimate (pH 7.0), 22%(w/v) PEG 3350, 100mM sodium-HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 47555 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.82 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.03→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.919 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24813 2396 5 %RANDOM
Rwork0.19572 ---
obs0.19825 45088 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å2-0 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5248 0 18 323 5589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.025383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9617233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.731311794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4535630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.66124.783276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.446151012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1911524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3133.8042526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3113.8042525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3685.693154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3675.693155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8234.1832857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8234.1832857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5526.1064080
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.18430.6086347
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.17530.4516239
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.027→2.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 180 -
Rwork0.256 3134 -
obs--94.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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