PDB-4xyl: Ca. Korarchaeum cryptofilum ACD1 in complex with coenzyme A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xyl

タイトル

Ca. Korarchaeum cryptofilum ACD1 in complex with coenzyme A

要素

alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)
beta subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)

キーワード

LIGASE / Dinucleotide forming acetyl-CoA synthetase / complex / ACD

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase (ADP-forming) activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Korarchaeum cryptofilum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Weisse, R.H.-J. / Scheidig, A.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure of NDP-forming Acetyl-CoA synthetase ACD1 reveals a large rearrangement for phosphoryl transfer.
著者: Weie, R.H. / Faust, A. / Schmidt, M. / Schonheit, P. / Scheidig, A.J.

履歴

登録	2015年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xyl.cif.gz	500.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xyl.ent.gz	417.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xyl_validation.pdf.gz	913.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xyl_full_validation.pdf.gz	924.4 KB	表示
XML形式データ	4xyl_validation.xml.gz	49 KB	表示
CIF形式データ	4xyl_validation.cif.gz	69.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xymC 4xz3C 4y8vC 4yajC 4yakC 4yb8C 4ybzC 5hbrC 1wr2S 2csuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xym-d 5hbr-d 4ybz-d 4yaj-d 4yak-d 4yb8-d 4y8v-d 6w6o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (3) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (7)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
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#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
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#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
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#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)

B: beta subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)

C: alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)

D: beta subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.460, 112.180, 124.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming) 分子量: 49354.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Korarchaeum cryptofilum (strain OPF8) (古細菌) 遺伝子: Kcr_0198 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1L3C9
#2: タンパク質	beta subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming) 分子量: 25676.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Korarchaeum cryptofilum (strain OPF8) (古細菌) 遺伝子: Kcr_0115 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1L7P8
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.57 % / 解説: rod-like appearance
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris/HCl, pH 8.3; 16% (w/v) PEG 6000; 10 mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.23953 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.23953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→83.46 Å / Num. all: 105037 / Num. obs: 105037 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.246 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 3.178 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS	March 15, 2012	データ削減
XSCALE	November 3, 2014	データスケーリング
Aimless	0.3.11	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CSU and 1WR2

2csu

1wr2

解像度: 1.95→83.456 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	5284	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2064	-	-	-
obs	0.2084	104969	99.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→83.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10424	0	98	364	10886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.94	14533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.321	3999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1902

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.4049	159	0.3635	3260	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9722-1.9954	0.337	154	0.3424	3273	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9954-2.0197	0.3382	177	0.3343	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.3638	192	0.3198	3295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0722	0.3104	180	0.3158	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1006	0.3742	150	0.3053	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1306	0.3159	176	0.2918	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1624	0.3326	154	0.2922	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1962	0.3435	177	0.2855	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1962-2.2322	0.3049	188	0.269	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.2707	0.3092	198	0.2731	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2707-2.312	0.2747	170	0.236	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.312-2.3564	0.273	171	0.234	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	0.2861	197	0.2294	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.2755	155	0.2281	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.514	0.2634	189	0.2172	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.514-2.5769	0.2541	172	0.208	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5769-2.6465	0.2469	187	0.2004	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.7244	0.2632	179	0.202	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.8124	0.2701	158	0.1946	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8124-2.9129	0.2421	201	0.1952	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9129-3.0295	0.2313	170	0.1928	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0295-3.1674	0.2366	181	0.1968	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1674-3.3344	0.2676	185	0.1968	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3344-3.5433	0.2298	176	0.1821	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5433-3.8169	0.2233	175	0.1804	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8169-4.201	0.1982	175	0.1701	3357	X-RAY DIFFRACTION	99
4.201-4.8088	0.1833	182	0.1527	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8088-6.0584	0.2043	175	0.1772	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0584-83.5326	0.1921	181	0.172	3573	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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