PDB-4xxh: TREHALOSE REPRESSOR FROM ESCHERICHIA COLI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xxh

タイトル

TREHALOSE REPRESSOR FROM ESCHERICHIA COLI

要素

HTH-type transcriptional regulator TreR

キーワード

GENE REGULATION / LACI FAMILY / PHOSPHATE BINDING / PROTEIN STRUCTURE / TREHALOSE REPRESSOR

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose metabolic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hars, U. / Horlacher, R. / Boos, W. / Smart, O.S. / Bricogne, G. / Welte, W. / Diederichs, K.

引用

ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 1998
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE EFFECTOR-BINDING DOMAIN OF THE TREHALOSE-REPRESSOR OF ESCHERICHIA COLI, A MEMBER OF THE LACI FAMILY, IN ITS COMPLEXES WITH INDUCER TREHALOSE-6-PHOSPHATE AND NONINDUCER TREHALOSE.
著者: Hars, U. / Horlacher, R. / Boos, W. / Welte, W. / Diederichs, K.

履歴

登録	2015年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え	2015年2月11日	ID: 1BYK
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Non-polymer description
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xxh.cif.gz	209.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xxh.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xxh_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xxh_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4xxh_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	4xxh_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rk7-d 3miz-2 7cdx-d 6ndi-d 3clk-d 4ruk-1 2dwq-2 4xcz-d 1sxi-3 3qb7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (7) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator TreR

B: HTH-type transcriptional regulator TreR

ヘテロ分子

56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.890, 84.890, 169.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質

HTH-type transcriptional regulator TreR / Trehalose operon repressor

分子量: 27965.197 Da / 分子数: 2 / 断片: EFFECTOR BINDING DOMAIN, UNP residues 61-315 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P36673

#2: 多糖

6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose-6-phosphate

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 422.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose-6-phosphate

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.6-1.9M sodium formate, 0.1M sodium acetate / PH範囲: 5.2-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BL19 / 波長: 0.905 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1996年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.905 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 25724 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 57.89 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.334 / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BUSTER	2.11.6	精密化
DENZO		データ削減
DAREFI		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.4→36.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9687 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9629 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.218 / SU R_free Blow DPI: 0.159 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.164
詳細: This entry represents a re-refinement of PDB entry 1BYK using a new set of structure factors obtained by re-processing the original images. The stereochemistry for the trehalose-6-phosphate ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.173	1278	4.97 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.1521	25714	95.53 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.28 Å² / B_iso mean: 56.8085 Å² / B_iso min: 31.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.8329 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.8329 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.6658 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.271 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3805	0	54	79	3938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1328	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	85	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	576	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3977	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	558	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4546	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3977	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	5474	HARMONIC	2	1.09
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.91
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.66

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.5 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2715	103	4.72 %
R_work	0.2288	2080	-
all	0.2308	2183	-
obs	-	-	71.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8353	-0.0648	0.0836	1.5063	-0.0613	1.5884	0.0378	0.0289	-0.1723	-0.004	0.0238	-0.2458	0.2254	0.1837	-0.0616	-0.0439	0.0206	-0.0145	-0.1416	-0.0229	-0.1037	28.7552	-11.6565	23.811
2	1.5718	0.412	0.0283	1.5745	-0.2527	1.8183	0.0107	-0.0591	0.144	0.1694	-0.0086	-0.1748	-0.4681	0.1213	-0.0021	0.0288	-0.037	-0.0287	-0.1803	-0.017	-0.145	26.4462	16.3956	26.8506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	61 - 339
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	61 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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