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- PDB-4xwn: Complex structure of catalytic domain of Clostridium Cellulovoran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xwn
タイトルComplex structure of catalytic domain of Clostridium Cellulovorans Exgs and Cellotetraose
要素Exoglucanase S
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 2 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 2 / Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain ...Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 2 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 2 / Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / beta-cellopentaose / Exoglucanase S
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium cellulovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.884 Å
データ登録者Liaw, Y.-C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structures of exoglucanase from Clostridium cellulovorans: cellotetraose binding and cleavage
著者: Tsai, L.-C. / Amiraslanov, I. / Chen, H.R. / Chen, Y.W. / Lee, H.L. / Liang, P.H. / Liaw, Y.-C.
履歴
登録2015年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年10月28日ID: 4KKK
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoglucanase S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1455
ポリマ－75,8931
非ポリマー1,2514
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.856, 108.856, 182.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Exoglucanase S


分子量: 75893.453 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 32-674 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium cellulovorans (バクテリア)
遺伝子: exgS / プラスミド: pHTPP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: O65986, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG6000, HEPES

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13B111
シンクロトロンNSRRC BL13C121
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年4月11日MONOCHROMATOR; MIRROR
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年2月9日MIRROR
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2-COOLED DOUBLE CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATORSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 2.88→30 Å / Num. obs: 25404 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.161 / Net I/av σ(I): 25.328 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 172053
反射 シェル解像度: 2.88→2.98 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Num. unique all: 2715 / Χ2: 1.054 / Rejects: 0 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータ削減
PHASER2.5.3位相決定
RESOLVE2.15位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F9O

1f9o


解像度: 2.884→26.475 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 1998 7.89 %
Rwork0.1636 23332 -
obs0.1659 25330 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.74 Å2 / Biso mean: 34.1304 Å2 / Biso min: 13.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.884→26.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5012 0 81 27 5120
Biso mean--45.48 27.6 -
残基数----633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1077157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5921797
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.884-2.9560.25021400.217216411781100
2.956-3.03580.26741400.224516261766100
3.0358-3.1250.25051410.223516441785100
3.125-3.22570.24641410.209716461787100
3.2257-3.34080.23331400.216321772100
3.3408-3.47430.24321390.196716361775100
3.4743-3.6320.23111430.17416661809100
3.632-3.8230.18881400.165416411781100
3.823-4.06170.17561440.136916751819100
4.0617-4.3740.13631400.135816561796100
4.374-4.81180.16781450.123716791824100
4.8118-5.50260.15351440.13516871831100
5.5026-6.91230.16231470.140917111858100
6.9123-26.47570.16811540.15091792194698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0747-0.30960.34081.78050.34133.85970.11360.15370.0226-0.1490.0729-0.3231-0.01510.2391-0.16850.1603-0.02590.03430.293-0.00450.283616.587424.3626-32.7892
21.07970.03920.01820.62550.17250.65920.0535-0.2235-0.10470.1271-0.0348-0.07890.09670.04-0.02210.2043-0.009-0.02710.29770.06640.26314.046319.0866-14.4506
31.0316-0.0520.44920.9029-0.06521.4729-0.0456-0.1153-0.05440.00860.0070.0483-0.0037-0.14910.03190.1821-0.0208-0.01140.28120.01710.2509-10.832223.0368-23.7515
48.61080.4401-4.3881.3997-0.43365.1070.32390.25010.4526-0.18-0.0260.1665-0.5296-0.15-0.28720.27510.0087-0.06470.20820.03760.2582-8.26737.9522-36.6892
51.91420.70.68531.11590.61621.4433-0.11320.2386-0.0428-0.16950.0741-0.1696-0.22340.11910.03720.2654-0.01520.02160.24990.05160.21923.580831.1319-42.0566
61.23390.7071.05241.80611.64824.3357-0.0771-0.03020.1598-0.10510.0307-0.1183-0.37920.1950.02280.18380.0065-0.00510.22750.01760.317412.679237.1036-20.3524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 45 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 263 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 264 through 440 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 441 through 485 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 486 through 552 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 553 through 629 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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