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- PDB-4xvx: Crystal structure of an acyl-ACP dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvx
タイトルCrystal structure of an acyl-ACP dehydrogenase
要素Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / TB STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / TBSGC / ROSSMANN FOLD / ACYL-ACP BINDING / DEHYDROGENATION
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / catechol-containing siderophore biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain ...Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chai, A. / Johnston, J.M. / Bunker, R.D. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: A covalent adduct of MbtN, an acyl-ACP dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis, reveals an unusual acyl-binding pocket.
著者: Chai, A.F. / Bulloch, E.M. / Evans, G.L. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / Johnston, J.M.
履歴
登録2015年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年2月11日ID: 4M6Z
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
B: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0166
ポリマ－82,8332
非ポリマー2,1844
水3,657203
1
A: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
B: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
B: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,03312
ポリマ－165,6654
非ポリマー4,3688
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area26970 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area47560 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8620 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28650 Å2
手法PISA
3
A: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
ヘテロ分子

B: Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0166
ポリマ－82,8332
非ポリマー2,1844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area8120 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.104, 139.104, 253.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Acyl-[acyl-carrier-protein] dehydrogenase MbtN / Acyl-ACP dehydrogenase MbtN / Mycobactin synthase protein N


分子量: 41416.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mbtN, fadE14, Rv1346, MTCY02B10.10 / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WQF9, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23 % PEG 3350, 0.2 M DIAMMONIUM HYDROGEN CITRATE, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日
放射モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→87.25 Å / Num. obs: 42053 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 39.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.821 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.5精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WS9

1ws9


解像度: 2.3→58.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2118 5.04 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 42021 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0116 Å20 Å20 Å2
2---6.0116 Å20 Å2
3---12.0233 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→58.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5595 0 145 203 5943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115850HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.077932HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2039SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes874HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5850HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 175 5.69 %
Rwork0.2055 2902 -
all0.207 3077 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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