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- PDB-4xvv: Crystal structure of an Acid stress chaperone HdeB (KPN_03484) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvv
タイトルCrystal structure of an Acid stress chaperone HdeB (KPN_03484) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 1.70 A resolution
要素Acid stress chaperone HdeB
キーワードCHAPERONE / HdeA family protein (PF06411) / protein HNS-dependent expression A fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / unfolded protein binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
HNS-dependent expression B / HNS-dependent expression A / HNS-dependent expression A/B / HNS-dependent expression A/B superfamily / HdeA/HdeB family / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid stress chaperone HdeB
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094586 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an Acid stress chaperone HdeB (KPN_03484) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年2月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid stress chaperone HdeB
B: Acid stress chaperone HdeB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8072
ポリマ－17,8072
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.475, 39.443, 98.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Acid stress chaperone HdeB


分子量: 8903.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
遺伝子: hdeB, KPN_03484 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6TE95
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 26-101 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 30.0% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.1M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979559 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月4日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979559 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.286 Å / Num. obs: 15930 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.62 % / Biso Wilson estimate: 29.463 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 9.32 / Num. measured all: 61343
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.7-1.760.5730.7081.65554296427970.948194.4
1.76-1.830.7280.4812.46288302729290.64296.8
1.83-1.910.7930.3883.16062291428320.51697.2
1.91-2.020.8720.26156853327331900.34597.5
2.02-2.140.9420.17475980285827800.22897.3
2.14-2.310.9670.1199.26330306029430.15896.2
2.31-2.540.9850.08511.26118297828460.11395.6
2.54-2.90.9910.05913.96080296228060.07994.7
2.9-3.660.9960.03918.56052306128190.05292.1
3.660.9970.02922.16026303228140.03992.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
XSCALEJanuary 10, 2014 BUILT=20140307データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.286 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 4.934 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 808 5.1 %RANDOM
Rwork0.1966 15080 --
obs0.198 15888 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.56 Å2 / Biso mean: 33.9187 Å2 / Biso min: 16.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1178 0 0 76 1254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9711726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1243.0032704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7775163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.89726.33360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7315183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.547153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7113.22619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.73.209618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6815.992775
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 63 -
Rwork0.355 1028 -
all-1091 -
obs--93.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8594-1.4482-1.24662.91720.02112.40090.15190.21840.10480.0353-0.1992-0.005-0.3126-0.12070.04740.1661-0.007-0.01040.06390.01280.02890.7524.0325.517
22.66140.70851.05752.1447-0.16274.07240.02050.014-0.220.3556-0.0163-0.24330.3040.3377-0.00410.22130.0194-0.01690.08370.01950.07554.46210.43914.068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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