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- PDB-4xvk: Binary complex of human polymerase nu and DNA with the finger dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvk
タイトルBinary complex of human polymerase nu and DNA with the finger domain closed
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA polymerase nu
キーワードTRANSFERASE/DNA / Pol Nu / Polymerase / error-prone DNA synthesis / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translesion synthesis / interstrand cross-link repair / cyclin binding / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding ...translesion synthesis / interstrand cross-link repair / cyclin binding / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase nu, pseudo-exo domain / DNA polymerase nu pseudo-exo / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Ribonuclease H superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase nu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lee, Y.-S. / Yang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036146-08 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: How a homolog of high-fidelity replicases conducts mutagenic DNA synthesis.
著者: Lee, Y.S. / Gao, Y. / Yang, W.
履歴
登録2015年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase nu
P: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*G)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2275
ポリマ－83,0093
非ポリマー2182
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)290.876, 290.876, 110.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

NA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase nu


分子量: 74760.141 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core (UNP residues 194-859) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLN / プラスミド: pLEXm / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z5Q5, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*G)-3')


分子量: 4609.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 26分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 100 mM MES / PH範囲: 5.9-6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日
放射モノクロメーター: double crystal-liqued nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 37343 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 65.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.008 / Net I/av σ(I): 16.737 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 175163
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.95-34.30.63718780.98100
3-3.064.30.55418600.97100
3.06-3.114.40.47818821.00299.9
3.11-3.184.50.39518521.01699.9
3.18-3.254.60.29318851.02499.9
3.25-3.324.60.2618691.04100
3.32-3.44.70.20718541.02499.9
3.4-3.54.70.17718861.01999.8
3.5-3.64.80.14418671.00499.7
3.6-3.724.80.12618551.03399.7
3.72-3.854.80.10918880.97999.6
3.85-44.80.0918660.95799.5
4-4.184.80.07718601.01499.4
4.18-4.44.80.06418750.98399
4.4-4.684.80.0618561.08699
4.68-5.044.80.05818641.0698.7
5.04-5.544.80.06218650.99598.4
5.54-6.344.80.05518551.00298.1
6.34-7.964.80.04618660.97497.2
7.96-304.80.02718600.9995.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XVI

4xvi


解像度: 2.95→29.64 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 1889 5.06 %
Rwork0.2221 35444 -
obs0.2231 37333 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.51 Å2 / Biso mean: 75.1607 Å2 / Biso min: 23.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4971 550 13 24 5558
Biso mean--67.95 52.3 -
残基数----657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0617815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007898
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9162155
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9421-3.02160.35921560.31642686284298
3.0216-3.11040.31721400.303927352875100
3.1104-3.21070.33441090.283327682877100
3.2107-3.32530.28021510.271927242875100
3.3253-3.45820.27311490.252927392888100
3.4582-3.61530.25871330.240627442877100
3.6153-3.80560.25871690.22827072876100
3.8056-4.04350.27171410.2227442885100
4.0435-4.35480.20011560.18922707286399
4.3548-4.79130.21781610.18642721288299
4.7913-5.48090.23571290.21162728285799
5.4809-6.8910.22931620.23642708287098
6.891-29.64180.19141330.18532733286696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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