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- PDB-4xvh: Crystal structure of a Corynascus thermopiles (Myceliophthora fer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvh
タイトルCrystal structure of a Corynascus thermopiles (Myceliophthora fergusii) carbohydrate esterase family 2 (CE2) enzyme plus carbohydrate binding domain (CBD)
要素Carbohydrate esterase family 2 (CE2)
キーワードHYDROLASE / fungus / CE2 / carbohydrate esterase / putative acetyl xylan esterase / rossman fold / carbohydrate binding domain / CBD / beta sandwich / jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate esterase 2, N-terminal / Carbohydrate esterase 2 N-terminal / CtCE2-like domain / : / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Galactose-binding domain-like / Jelly Rolls ...Carbohydrate esterase 2, N-terminal / Carbohydrate esterase 2 N-terminal / CtCE2-like domain / : / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Galactose-binding domain-like / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbohydrate esterase family 2 (CE2)
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium olivicolor (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9449 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Dong, A. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Corynascus thermopiles carbohydrate esterase family 2 (CE2) enzyme plus carbohydrate binding domain (CBD)
著者: Stogios, P.J. / Dong, A. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A.
履歴
登録2015年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate esterase family 2 (CE2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0293
ポリマ－34,7161
非ポリマー1,3142
水10,088560
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)114.730, 134.310, 50.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-552-

HOH

21A-566-

HOH

31A-574-

HOH

41A-589-

HOH

51A-595-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbohydrate esterase family 2 (CE2)


分子量: 34715.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium olivicolor (菌類) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0J9X278*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000


分子量: 1221.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H112O28 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M sodium acetate, 30% (w/v) PEG 8K. cryoprotectant: paratone-N oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9449→19.27 Å / Num. obs: 28822 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.9449→2.06 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WAO

2wao


解像度: 1.9449→19.122 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1835 1362 5.02 %Random selection
Rwork0.1419 ---
obs0.1441 27145 94.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9449→19.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 29 560 3041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4243484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.791902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9499-2.01950.26721170.19172356X-RAY DIFFRACTION87
2.0195-2.10020.21751170.16732401X-RAY DIFFRACTION89
2.1002-2.19570.18781260.15222499X-RAY DIFFRACTION92
2.1957-2.31130.20641340.15382509X-RAY DIFFRACTION92
2.3113-2.45580.21521390.14682517X-RAY DIFFRACTION94
2.4558-2.6450.20931350.15542601X-RAY DIFFRACTION95
2.645-2.91030.21261380.15232644X-RAY DIFFRACTION97
2.9103-3.32950.18041440.14332678X-RAY DIFFRACTION98
3.3295-4.18760.15451650.12012716X-RAY DIFFRACTION98
4.1876-19.12260.15761470.12972862X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6751-0.68560.94871.4175-0.08661.35960.05710.30060.0189-0.29930.0119-0.2134-0.08590.3342-0.06250.198-0.03980.04220.2123-0.01070.1586-13.3615-17.47912.2627
22.1045-2.17930.34083.50531.54113.57140.04510.47560.36850.0037-0.0194-0.4445-0.12320.51190.00730.175-0.04770.03830.2844-0.00260.3046-4.0756-19.24995.2916
34.7145-1.5311-1.46390.93820.78683.1870.08990.6589-0.192-0.2144-0.1209-0.084-0.06060.3790.02630.2318-0.03510.00430.3248-0.03120.1742-12.306-17.01480.3341
41.99260.02660.28892.73150.39331.89010.003-0.05040.15910.02460.02190.0459-0.10290.0284-0.02670.1312-0.0243-0.00320.1187-0.00290.1036-27.4359-16.153111.5804
51.10820.0717-0.22541.95480.14371.83240.00830.01710.0648-0.0694-0.03030.4301-0.0274-0.29560.01620.1474-0.0071-0.03480.1851-0.00780.226-38.4726-18.266411.0744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 24:80)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 81:103)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 104:128)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 129:196)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 197:352)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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