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- PDB-4xvc: Crystal structure of an esterase from the bacterial hormone-sensi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvc
タイトルCrystal structure of an esterase from the bacterial hormone-sensitive lipase (HSL) family
要素Esterase E40
キーワードHYDROLASE / Esterase
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / phenylmethanesulfonic acid
機能・相同性情報
生物種environmental samples (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Y. / Li, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Interdomain Hydrophobic Interactions Modulate the Thermostability of Microbial Esterases from the Hormone-Sensitive Lipase Family.
著者: Li, P.Y. / Chen, X.L. / Ji, P. / Li, C.Y. / Wang, P. / Zhang, Y. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Su, H.N. / Zhou, B.C. / Zhang, Y.Z. / Zhang, X.Y.
履歴
登録2015年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: cell / chem_comp_atom ...cell / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _cell.Z_PDB / _citation.journal_id_CSD ..._cell.Z_PDB / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase E40
B: Esterase E40
C: Esterase E40
D: Esterase E40
E: Esterase E40
F: Esterase E40
G: Esterase E40
H: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,77916
ポリマ－274,4018
非ポリマー1,3788
水35,9041993
1
A: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Esterase E40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4722
ポリマ－34,3001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.630, 76.172, 130.186
Angle α, β, γ (deg.)74.04, 75.15, 72.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 2:297 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 2:297 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 2:297 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 2:297 )
511CHAIN E AND (RESSEQ 2:297 )
611CHAIN F AND (RESSEQ 2:297 )
711CHAIN G AND (RESSEQ 2:297 )
811CHAIN H AND (RESSEQ 2:297 )

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要素

#1: タンパク質
Esterase E40


分子量: 34300.113 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) environmental samples (珪藻)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: carboxylesterase
#2: 化合物
ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1993 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION AND THE SEQUENCE HAS BEEN SUBMITTED TO GENBANK UNDER THE ACCESSION NUMBER KP696774.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.15M ammonium sulfate, 0.1M MES, 12%(w/v) PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 161567 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 24.417
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H18

3h18


解像度: 2→39.33 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 8110 5.02 %
Rwork0.196 --
obs0.198 161567 92.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.1 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6547 Å27.1072 Å22.096 Å2
2---2.4328 Å21.3651 Å2
3----0.2219 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18048 0 80 1993 20121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08825322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5946858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053338
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2242X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2242X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
13C2221X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
14D2214X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
15E2220X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
16F2236X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
17G2227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
18H2227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0011-2.02380.23912580.19074483X-RAY DIFFRACTION81
2.0238-2.04760.2712570.19764934X-RAY DIFFRACTION90
2.0476-2.07260.25152290.18785146X-RAY DIFFRACTION91
2.0726-2.09880.23062610.19014983X-RAY DIFFRACTION91
2.0988-2.12650.26562570.18835063X-RAY DIFFRACTION91
2.1265-2.15560.21392670.18425028X-RAY DIFFRACTION92
2.1556-2.18640.23042740.18775094X-RAY DIFFRACTION92
2.1864-2.2190.22592700.17975082X-RAY DIFFRACTION93
2.219-2.25370.21782890.18175110X-RAY DIFFRACTION92
2.2537-2.29060.24992670.19635038X-RAY DIFFRACTION92
2.2906-2.33010.24782650.19035208X-RAY DIFFRACTION93
2.3301-2.37250.23422660.18695045X-RAY DIFFRACTION92
2.3725-2.41810.24032660.19535175X-RAY DIFFRACTION93
2.4181-2.46750.25512750.20035117X-RAY DIFFRACTION93
2.4675-2.52110.22172800.19675136X-RAY DIFFRACTION93
2.5211-2.57970.25142950.20655134X-RAY DIFFRACTION94
2.5797-2.64420.24912620.20335186X-RAY DIFFRACTION93
2.6442-2.71570.23582810.20815139X-RAY DIFFRACTION93
2.7157-2.79560.23912760.19725162X-RAY DIFFRACTION93
2.7956-2.88580.25792860.20165130X-RAY DIFFRACTION94
2.8858-2.98890.2272690.20635202X-RAY DIFFRACTION94
2.9889-3.10860.22862700.21265205X-RAY DIFFRACTION94
3.1086-3.250.22062920.2165156X-RAY DIFFRACTION94
3.25-3.42120.23112830.2085166X-RAY DIFFRACTION94
3.4212-3.63540.2373070.19625160X-RAY DIFFRACTION94
3.6354-3.91590.20582250.19135040X-RAY DIFFRACTION91
3.9159-4.30950.23862990.18375297X-RAY DIFFRACTION97
4.3095-4.93210.19282650.17885376X-RAY DIFFRACTION97
4.9321-6.210.21322580.20045376X-RAY DIFFRACTION97
6.21-39.33820.22192610.21085086X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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