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- PDB-4xuy: Crystal structure of an endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xuy
タイトルCrystal structure of an endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/GH10) enzyme from Aspergillus niger
要素Probable endo-1,4-beta-xylanase C
キーワードHYDROLASE / xylanase / GH10 / glycoside hydrolase family 10 / fungus / genomics / beta8/alpha8 fold / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable endo-1,4-beta-xylanase C
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.0027 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Dong, A. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/GH10) enzyme from Aspergillus niger
著者: Stogios, P.J. / Dong, A. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list ...entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.02023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable endo-1,4-beta-xylanase C
B: Probable endo-1,4-beta-xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2069
ポリマ－65,5572
非ポリマー6497
水11,367631
1
A: Probable endo-1,4-beta-xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0554
ポリマ－32,7791
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable endo-1,4-beta-xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1515
ポリマ－32,7791
非ポリマー3724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.585, 50.685, 59.097
Angle α, β, γ (deg.)83.19, 87.31, 61.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Probable endo-1,4-beta-xylanase C / Xylanase C / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase C


分子量: 32778.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: CBS 513.88 / FGSC A1513 / 遺伝子: xlnC, xynA, An03g00940 / プラスミド: ANIp7G / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A2QFV7, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2.5 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 32566 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B30

1b30


解像度: 2.0027→29.338 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 1654 5.08 %Random selection
Rwork0.1412 ---
obs0.1444 32555 94.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0027→29.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4624 0 41 631 5296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1236510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.661702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0027-2.06160.2341030.17752343X-RAY DIFFRACTION85
2.0616-2.12810.23511280.15352533X-RAY DIFFRACTION92
2.1281-2.20410.21411390.13852543X-RAY DIFFRACTION93
2.2041-2.29240.24421540.15552525X-RAY DIFFRACTION93
2.2924-2.39670.2461230.14652549X-RAY DIFFRACTION94
2.3967-2.52290.2461340.14042589X-RAY DIFFRACTION94
2.5229-2.68090.19891290.14192596X-RAY DIFFRACTION95
2.6809-2.88770.19691530.13852603X-RAY DIFFRACTION96
2.8877-3.1780.20071350.13112635X-RAY DIFFRACTION96
3.178-3.63720.17891480.12892623X-RAY DIFFRACTION97
3.6372-4.57960.1641560.1212681X-RAY DIFFRACTION98
4.5796-29.34160.20921520.16682681X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9325-1.5649-0.74371.78050.70380.9101-0.00990.0894-0.1371-0.0536-0.01960.17120.0285-0.01860.02390.1245-0.0084-0.00510.12870.01160.11839.925984.6129-42.456
21.11340.0764-0.38620.51130.09410.56130.0269-0.10980.03120.0297-0.0043-0.07980.00330.1107-0.01960.11950.0071-0.00020.116-0.00260.131830.386594.023-33.7448
31.41090.40430.10280.8742-0.03520.89790.0226-0.15810.0280.05050.0260.04850.0127-0.0686-0.04850.10750.01680.00160.13830.01180.11513.407590.003-27.6678
40.74440.19180.03330.9553-0.20440.43640.0058-0.0079-0.03590.0250.02250.01750.0216-0.0098-0.02980.1260.00270.01070.1035-0.00190.0964-3.0375104.7717-52.2478
51.48870.3121-0.25930.6581-0.26650.771-0.00370.19030.0089-0.13340.03770.05790.0504-0.0873-0.03650.15880.0033-0.01550.12460.00090.1139-6.0399110.1478-68.1531
61.7388-0.97070.30311.8271-0.6531.17430.0297-0.040.0005-0.1095-0.0248-0.15450.0880.1183-0.00070.122-0.01030.00770.1224-0.02640.129812.6186114.6746-59.1158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 26:68
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 69:180
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 181:327
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 26:156
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resi 157:271
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resi 272:327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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