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万見
- PDB-4xud: Synthesis and evaluation of heterocyclic catechol mimics as inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xud
タイトルSynthesis and evaluation of heterocyclic catechol mimics as inhibitors of catechol-O-methyltransferase (COMT): Structure with Cmpd32 ([1-(biphenyl-3-yl)-5-hydroxy-4-oxo-1,4-dihydropyridin-3-yl]boronic acid)
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / COMT / catechol-O-methyltransferase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / renal albumin absorption / Methylation / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / glomerulus development / response to salt / norepinephrine metabolic process / response to angiotensin / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / O-methyltransferase activity / cellular response to cocaine / cholesterol efflux / response to food / prostaglandin metabolic process / response to corticosterone / glycogen metabolic process / startle response / exploration behavior / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / response to cytokine / response to amphetamine / methyltransferase activity / visual learning / response to toxic substance / response to wounding / multicellular organism growth / memory / methylation / response to oxidative stress / Potential therapeutics for SARS / gene expression / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / magnesium ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-43H / S-ADENOSYLMETHIONINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Allison, T. / Wolkenberg, S. / Sanders, J.M. / Soisson, S.M.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Synthesis and Evaluation of Heterocyclic Catechol Mimics as Inhibitors of Catechol-O-methyltransferase (COMT).
著者: Harrison, S.T. / Poslusney, M.S. / Mulhearn, J.J. / Zhao, Z. / Kett, N.R. / Schubert, J.W. / Melamed, J.Y. / Allison, T.J. / Patel, S.B. / Sanders, J.M. / Sharma, S. / Smith, R.F. / Hall, D.L. ...著者: Harrison, S.T. / Poslusney, M.S. / Mulhearn, J.J. / Zhao, Z. / Kett, N.R. / Schubert, J.W. / Melamed, J.Y. / Allison, T.J. / Patel, S.B. / Sanders, J.M. / Sharma, S. / Smith, R.F. / Hall, D.L. / Robinson, R.G. / Sachs, N.A. / Hutson, P.H. / Wolkenberg, S.E. / Barrow, J.C.
履歴
登録2015年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1855
ポリマ－24,2601
非ポリマー9254
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.812, 57.631, 98.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24259.889 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 48-265 / 変異: M51A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21964, catechol O-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 166分子

#2: 化合物 ChemComp-43H / [1-(biphenyl-3-yl)-5-hydroxy-4-oxo-1,4-dihydropyridin-3-yl]boronic acid


分子量: 307.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14BNO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 30% PEG 6000; MA000474 (JCSG core IV), drop e12 :100uM ligand, 12mg/ml protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Χ2: 1.565 / Net I/av σ(I): 14.149 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 79089
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.447.70.6965051.013100
2.44-2.497.80.6664951.034100
2.49-2.537.70.5844900.968100
2.53-2.597.80.5745151.06100
2.59-2.647.90.5474871.072100
2.64-2.77.80.4765051.211100
2.7-2.777.80.4065081.079100
2.77-2.857.90.4034891.251100
2.85-2.937.80.3565251.342100
2.93-3.027.90.2954951.486100
3.02-3.137.80.2635181.762100
3.13-3.267.80.2184961.69100
3.26-3.417.80.1885181.971100
3.41-3.587.80.1655172.207100
3.58-3.817.70.155092.082100
3.81-4.17.70.1345202.388100
4.1-4.527.70.1175162.173100
4.52-5.177.70.1055261.793100
5.17-6.517.50.1175431.651100
6.51-506.70.115891.98899.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XUC

4xuc


解像度: 2.4→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.444 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 484 4.8 %RANDOM
Rwork0.1679 9611 --
obs0.1713 9611 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.79 Å2 / Biso mean: 24.293 Å2 / Biso min: 9.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å20 Å20 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1699 0 63 162 1924
Biso mean--36.44 31.65 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3162.0152438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7345217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.93124.93577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89315306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.626159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6181.51130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02521759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6813767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7434.5679
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 27 -
Rwork0.195 702 -
all-729 -
obs--99.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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