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- PDB-4xu1: Mycobacterium tuberculosis biotin ligase complexed with bisubstra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xu1
タイトルMycobacterium tuberculosis biotin ligase complexed with bisubstrate inhibitor 82 that incorporates a morpholine in place of the ribose
要素Bifunctional ligase/repressor BirA
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / biotin-protein ligase / bisubstrate inhibitor / LIGASE-LIGASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / biotin binding / protein modification process / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. ...Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-44O / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / Biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.70001332019 Å
データ登録者De la Mora-Rey, T. / Finzel, B.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI091790-01 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Targeting Mycobacterium tuberculosis Biotin Protein Ligase (MtBPL) with Nucleoside-Based Bisubstrate Adenylation Inhibitors.
著者: Bockman, M.R. / Kalinda, A.S. / Petrelli, R. / De la Mora-Rey, T. / Tiwari, D. / Liu, F. / Dawadi, S. / Nandakumar, M. / Rhee, K.Y. / Schnappinger, D. / Finzel, B.C. / Aldrich, C.C.
履歴
登録2015年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
B: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3987
ポリマ－57,0692
非ポリマー1,3305
水11,782654
1
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2304
ポリマ－28,5341
非ポリマー6963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1683
ポリマ－28,5341
非ポリマー6342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.219, 71.38, 113.702
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
詳細The biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional ligase/repressor BirA / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin-protein ligase / BirA protein


分子量: 28534.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: birA, CH81_03124, CH82_03406, CH84_03412, CH85_03111, CH87_01691, CH88_02592, CO60_3782, ER17_17395, FF22_02902, FI98_01129, IQ38_01820, IQ39_01720, IQ40_01775, IQ41_01700, IQ42_01770, ...遺伝子: birA, CH81_03124, CH82_03406, CH84_03412, CH85_03111, CH87_01691, CH88_02592, CO60_3782, ER17_17395, FF22_02902, FI98_01129, IQ38_01820, IQ39_01720, IQ40_01775, IQ41_01700, IQ42_01770, IQ43_01710, IQ44_01750, IQ45_01765, IQ46_01705, IQ47_01735, IQ48_01770, IU12_01860, IU13_01785, IU14_01730, IU16_01770, IU17_01745, IU18_01730, IU19_01775, IU20_01750, IU22_01755, IU23_01750, IU24_01735, IZ84_17515, JE53_17495, LJ70_17695, T209_01770
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MACH I
参照: UniProt: A0A045H8W3, UniProt: I6YFP0*PLUS, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-44O / [(2S,6R)-6-(6-amino-9H-purin-9-yl)morpholin-2-yl]methyl {5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}sulfamate


分子量: 555.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N9O6S2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17-24% PEG2000 MME, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM triethylamine N-oxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月26日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 57349 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 16.7212355927 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RUX

3rux


解像度: 1.70001332019→30.4545496915 Å / SU ML: 0.174664104094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34291264033 / 位相誤差: 19.7432895786
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202833678583 2905 5.07202095155 %
Rwork0.170925362526 54370 -
obs0.172563817399 57275 99.9441603993 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.3142597872 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.70001332019→30.4545496915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3913 0 86 654 4653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007389332740794093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.308739716645594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492712389843658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00532112430142736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.58681816351521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72790.2530518046221130.2022221218832538X-RAY DIFFRACTION99.2512167727
1.7279-1.75770.262474995631220.1926465868822576X-RAY DIFFRACTION100
1.7577-1.78960.238923591711620.19798352342545X-RAY DIFFRACTION100
1.7896-1.8240.2422214988171150.189103185972549X-RAY DIFFRACTION100
1.824-1.86130.2424393783461210.1844287752392605X-RAY DIFFRACTION100
1.8613-1.90170.2175055258741640.1778997032582505X-RAY DIFFRACTION100
1.9017-1.9460.218175279791540.1830563018882548X-RAY DIFFRACTION99.9630040696
1.946-1.99460.2230378916011370.1898919250142567X-RAY DIFFRACTION100
1.9946-2.04850.2229371722791350.1828843788732565X-RAY DIFFRACTION100
2.0485-2.10880.2257485753181390.1803903149952592X-RAY DIFFRACTION99.9633967789
2.1088-2.17690.2299570718871430.1714514729182547X-RAY DIFFRACTION100
2.1769-2.25460.2134529239521190.1743546145362588X-RAY DIFFRACTION100
2.2546-2.34490.2186134523311620.1767887373842555X-RAY DIFFRACTION100
2.3449-2.45160.2083592606891330.1791863486942603X-RAY DIFFRACTION100
2.4516-2.58070.194666908391370.174487103482582X-RAY DIFFRACTION100
2.5807-2.74230.2402054509981360.1825109326222621X-RAY DIFFRACTION100
2.7423-2.95390.1997607301571420.1789403257252578X-RAY DIFFRACTION99.9632488056
2.9539-3.25090.2130560111381300.1781163857192635X-RAY DIFFRACTION100
3.2509-3.72060.1734738572981780.1578287254432604X-RAY DIFFRACTION100
3.7206-4.68480.1613380238531300.1372870070022664X-RAY DIFFRACTION100
4.6848-30.45940.1761663336341330.1628217281152803X-RAY DIFFRACTION99.6943972835

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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