PDB-4xtv: Mycobacterium tuberculosis biotin ligase complexed with bisubstra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xtv

タイトル

Mycobacterium tuberculosis biotin ligase complexed with bisubstrate inhibitor 36 (N-({[(1R,3S)-3-(6-amino-9H-purin-9-yl)cyclopentyl]methyl}sulfamoyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide)

要素

Bifunctional ligase/repressor BirA

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR / biotin-protein ligase / bisubstrate inhibitor / LIGASE-LIGASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / biotin binding / protein modification process / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45000836498 Å

データ登録者

De la Mora-Rey, T. / Finzel, B.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Targeting Mycobacterium tuberculosis Biotin Protein Ligase (MtBPL) with Nucleoside-Based Bisubstrate Adenylation Inhibitors.
著者: Bockman, M.R. / Kalinda, A.S. / Petrelli, R. / De la Mora-Rey, T. / Tiwari, D. / Liu, F. / Dawadi, S. / Nandakumar, M. / Rhee, K.Y. / Schnappinger, D. / Finzel, B.C. / Aldrich, C.C.

履歴

登録	2015年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Database references / Experimental preparation
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xtv.cif.gz	160 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xtv.ent.gz	100.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xtv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xtwC 4xtxC 4xtyC 4xtzC 4xu0C 4xu1C 4xu2C 4xu3C 3ruxS 4xtu C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xtz-1 4xu1-2 4q0p-d 4q0v-d 3rux-1 4xtw-1 4xu1-1 4b6g-1 5g3j-d 4xtw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional ligase/repressor BirA

B: Bifunctional ligase/repressor BirA

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional ligase/repressor BirA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bifunctional ligase/repressor BirA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.896, 68.937, 115.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bifunctional ligase/repressor BirA / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin-protein ligase / BirA protein 分子量: 28534.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: birA, CH81_03124, CH82_03406, CH84_03412, CH85_03111, CH87_01691, CH88_02592, CO60_3782, ER17_17395, FF22_02902, FI98_01129, IQ38_01820, IQ39_01720, IQ40_01775, IQ41_01700, IQ42_01770, ...遺伝子: birA, CH81_03124, CH82_03406, CH84_03412, CH85_03111, CH87_01691, CH88_02592, CO60_3782, ER17_17395, FF22_02902, FI98_01129, IQ38_01820, IQ39_01720, IQ40_01775, IQ41_01700, IQ42_01770, IQ43_01710, IQ44_01750, IQ45_01765, IQ46_01705, IQ47_01735, IQ48_01770, IU12_01860, IU13_01785, IU14_01730, IU16_01770, IU17_01745, IU18_01730, IU19_01775, IU20_01750, IU22_01755, IU23_01750, IU24_01735, IZ84_17515, JE53_17495, LJ70_17695, T209_01770 プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MACH I 参照: UniProt: A0A045H8W3, UniProt: I6YFP0*PLUS, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物	ChemComp-44K / N-({[(1R,3S)-3-(6-amino-9H-purin-9-yl)cyclopentyl]methyl}sulfamoyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide 分子量: 537.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₁N₉O₄S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 17-24% PEG2000 MME, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM triethylamine N-oxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→36.415 Å / Num. obs: 91151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.0042860797 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.455 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3RUX

3rux

解像度: 1.45000836498→36.4153988479 Å / SU ML: 0.134117131829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35409701173 / 位相誤差: 20.2915302237

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205571552822	4562	5.00988359324 %
R_work	0.186154417257	86498	-
obs	0.18715566626	91060	99.8694874916 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.8442553982 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45000836498→36.4153988479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3915	0	72	637	4624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00279531381967	4202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976416824352	5765
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537843425599	674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00421904691995	767
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9275379838	1603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.274530209432	164	0.234976377364	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4665-1.4837	0.258188014314	138	0.220417686738	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4837-1.5018	0.25246363309	145	0.220695461933	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5018-1.5208	0.256127857372	130	0.214121887412	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.9666777741
1.5208-1.5409	0.244241098639	154	0.214480842267	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5409-1.562	0.218008521766	145	0.212192317963	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.5843	0.244555224303	139	0.206192485796	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5843-1.6079	0.241019349855	152	0.209400804086	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.966588707
1.6079-1.6331	0.199997128113	142	0.206797335747	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.9670836076
1.6331-1.6598	0.244507791415	158	0.205155896912	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.9665327979
1.6598-1.6884	0.269543238837	155	0.206121525125	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.967094439
1.6884-1.7192	0.245285392811	138	0.205980787686	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7192-1.7522	0.198915403151	152	0.200685839709	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.9008264463
1.7522-1.788	0.228453016531	137	0.204319649518	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.8673740053
1.788-1.8269	0.21993398346	153	0.206636996287	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8694	0.249234256129	164	0.205823434961	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.7688243065
1.8694-1.9161	0.211480720831	168	0.196189560632	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.9015425008
1.9161-1.9679	0.199502060584	154	0.191740725699	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.8671096346
1.9679-2.0258	0.212443669428	152	0.188602577971	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.8669770535
2.0258-2.0912	0.206553511804	168	0.194612280412	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.9341021417
2.0912-2.1659	0.218875904419	135	0.189788335	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.8363874346
2.1659-2.2526	0.216150009828	157	0.186972736342	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.6370834708
2.2526-2.3551	0.194005619691	146	0.189795386509	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.8365478915
2.3551-2.4793	0.194513650914	151	0.188440171739	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.8027613412
2.4793-2.6346	0.222961692933	160	0.188713639788	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.7717639387
2.6346-2.8379	0.201536462555	147	0.194485466522	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.8362266623
2.8379-3.1234	0.203871692279	169	0.183154889476	2919	X-RAY DIFFRACTION	99.6450467893
3.1234-3.575	0.192963483207	172	0.166644839207	2913	X-RAY DIFFRACTION	99.5161290323
3.575-4.5028	0.171594555003	158	0.156026234382	2976	X-RAY DIFFRACTION	99.7136493796
4.5028-36.4269	0.181098806241	159	0.169987183256	3115	X-RAY DIFFRACTION	99.6651445967

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