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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xtt
タイトルStructural Studies of Potassium Transport Protein KtrA Regulator of Conductance of K+ (RCK) C domain in Complex with Cyclic Diadenosine Monophosphate (c-di-AMP)
要素Putative potassium transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Potassium / transporter / KtrA / c-di-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / Putative potassium transport protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus 08BA02176 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.708 Å
データ登録者Kim, H. / Youn, S.J. / Kim, S.O. / Ko, J. / Lee, J.O. / Choi, B.S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea2011-0020322 韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning2011-0031955 韓国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Studies of Potassium Transport Protein KtrA Regulator of Conductance of K+ (RCK) C Domain in Complex with Cyclic Diadenosine Monophosphate (c-di-AMP)
著者: Kim, H. / Youn, S.J. / Kim, S.O. / Ko, J. / Lee, J.O. / Choi, B.S.
履歴
登録2015年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22015年7月8日Group: Database references
改定 1.32015年7月22日Group: Other
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.name / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative potassium transport protein
B: Putative potassium transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6323
ポリマ－18,9742
非ポリマー6581
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.976, 84.976, 85.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Putative potassium transport protein


分子量: 9486.837 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 133-217 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus 08BA02176 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: C248_1114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9USJ9, UniProt: A0A0M3KL06*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.0, 24.5%(w/v) PEG6000, 250mM Lithium acetate
PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 9002 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 39.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.372 / Net I/av σ(I): 20.374 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 101464
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.89.70.6418781.036100
2.8-2.91100.5038671.097100
2.91-3.0410.50.4298801.125100
3.04-3.211.20.3298811.23100
3.2-3.412.20.2528941.255100
3.4-3.6612.50.1788841.40899.9
3.66-4.0312.10.128981.569100
4.03-4.6211.80.0919141.68399.9
4.62-5.8111.80.0749091.58599.9
5.81-5010.90.0579971.54598.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J91

4j91


解像度: 2.708→28.347 Å / FOM work R set: 0.8027 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 895 9.98 %
Rwork0.2285 8074 -
obs0.2331 8969 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.22 Å2 / Biso mean: 41.78 Å2 / Biso min: 12.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.708→28.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 44 20 1394
Biso mean--26.05 33.51 -
残基数----170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9971890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.124526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7082-2.87780.32141480.248813031451
2.8778-3.09970.26641430.246413191462
3.0997-3.41120.31441440.223913261470
3.4112-3.90370.24051510.199613281479
3.9037-4.91410.26081460.211513521498
4.9141-28.34890.27691630.255214461609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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