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- PDB-4xri: Crystal Structure of Importin Beta in an Ammonium Sulfate Condition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xri
タイトルCrystal Structure of Importin Beta in an Ammonium Sulfate Condition
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nuclear Transport / Transport Receptor / Importin-Beta Superfamily / HEAT Repeat Protein / Nuclear Import of Various Proteinaceous Cargo Molecules / Highly Flexible Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


small GTPase binding / protein import into nucleus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe ...Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tauchert, M.J. / Neumann, P. / Ficner, R. / Dickmanns, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Impact of the crystallization condition on importin-beta conformation.
著者: Tauchert, M.J. / Hemonnot, C. / Neumann, P. / Koster, S. / Ficner, R. / Dickmanns, A.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 2.02018年3月14日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn_source ...atom_site / diffrn_source / pdbx_audit_support / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,32619
ポリマ－96,6331
非ポリマー1,69318
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area39470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.860, 85.040, 207.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 96632.828 Da / 分子数: 1 / 変異: S107P; V143A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0012280 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 詳細 (発現宿主): N-terminal GST-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009[pREP4] / 参照: UniProt: G0S143
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1 M ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, 100 mM sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82661 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82661 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→37.33 Å / Num. obs: 70347 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.36 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 254741
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.05-2.173.70.7580.6442.044197211306112720.75599.7
2.17-2.30.90.3573.5132194900489290.4299.2
2.3-2.550.9710.1846.574849413137131000.21699.7
2.55-3.350.9980.05318.77500920650205270.06399.4
3.35-3.750.9990.02637.5816382472446520.0398.5
3.75-4.150.9990.02146.0910561308730450.02598.6
4.15-4.550.9990.01851.997446212220880.02198.4
4.55-140.9990.01657.2621897659964720.01998.1
14-1710.0176.333921221200.01198.4
17-5010.01261.013941591420.01589.3
5012

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ND2

3nd2


解像度: 2.05→37.332 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 3556 5.06 %
Rwork0.1983 66689 -
obs0.1997 70245 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126 Å2 / Biso mean: 54.9612 Å2 / Biso min: 25.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→37.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6653 0 99 312 7064
Biso mean--72.14 53.74 -
残基数----865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7469282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261054
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.732500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.07810.37341810.330126332814100
2.0781-2.10780.3751390.318526272766100
2.1078-2.13920.37161490.293526212770100
2.1392-2.17270.32421340.288126732807100
2.1727-2.20830.31441380.27692606274499
2.2083-2.24640.31681410.26792684282599
2.2464-2.28720.28791360.25882580271699
2.2872-2.33120.30561400.251526652805100
2.3312-2.37880.27521380.23826322770100
2.3788-2.43050.28961410.235826922833100
2.4305-2.4870.25861410.227426342775100
2.487-2.54920.25291370.2326532790100
2.5492-2.61810.26331420.22426922834100
2.6181-2.69510.27581390.22312627276699
2.6951-2.78210.27971400.21762654279499
2.7821-2.88150.22471420.216126752817100
2.8815-2.99680.24121400.218426852825100
2.9968-3.13310.24441400.221526782818100
3.1331-3.29820.26221430.2112693283699
3.2982-3.50470.2261410.19722663280499
3.5047-3.77510.23511390.17512650278998
3.7751-4.15450.16951410.16972683282499
4.1545-4.75470.17371400.15882714285498
4.7547-5.98640.2211420.19322704284698
5.9864-37.33840.1781520.16862871302398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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