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- PDB-4xre: Crystal structure of Gnk2 complexed with mannose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xre
タイトルCrystal structure of Gnk2 complexed with mannose
要素Antifungal protein ginkbilobin-2
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / C-X8-C-X2-C MOTIF / ANTIFUNGAL ACTIVITY / LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of programmed cell death / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / D-mannose binding / defense response to fungus / actin binding / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Gnk2 domain, C-X8-C-X2-C motif / Killer Toxin P4; Chain A / Gnk2-homologous domain / Gnk2-homologous domain superfamily / : / Salt stress response/antifungal / Gnk2-homologous domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Antifungal protein ginkbilobin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Ginkgo biloba (イチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.597 Å
データ登録者Miyakawa, T. / Hatano, K. / Miyauchi, Y. / Suwa, Y. / Sawano, Y. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2014
タイトル: A secreted protein with plant-specific cysteine-rich motif functions as a mannose-binding lectin that exhibits antifungal activity.
著者: Miyakawa, T. / Hatano, K. / Miyauchi, Y. / Suwa, Y. / Sawano, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifungal protein ginkbilobin-2
B: Antifungal protein ginkbilobin-2
C: Antifungal protein ginkbilobin-2
D: Antifungal protein ginkbilobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5696
ポリマ－47,2094
非ポリマー3602
水2,702150
1
A: Antifungal protein ginkbilobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9822
ポリマ－11,8021
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5400 Å2
手法PISA
2
B: Antifungal protein ginkbilobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9822
ポリマ－11,8021
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area5420 Å2
手法PISA
3
C: Antifungal protein ginkbilobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8021
ポリマ－11,8021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5430 Å2
手法PISA
4
D: Antifungal protein ginkbilobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8021
ポリマ－11,8021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.400, 143.400, 143.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-311-

HOH

21B-304-

HOH

31B-309-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Antifungal protein ginkbilobin-2


分子量: 11802.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ginkgo biloba (イチョウ) / 遺伝子: GNK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4ZDL6
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG MME 2000, 0.1M TRIS-HCL, 0.2M AMMONIUM SULFATE
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.68
11K, H, -L20.32
反射解像度: 2.597→20 Å / Num. obs: 30598 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.5 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 74.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Rsym value: 0.491 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A2E

3a2e


解像度: 2.597→19.886 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2885 1496 5.64 %RANDOM
Rwork0.2492 ---
obs0.2511 26530 87.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.478 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.597→19.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3260 0 24 150 3434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1324502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9251198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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