[日本語] English
万見
- PDB-4xrb: Crystal structure of Rv2671 from Mycobacterium tuberculosis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xrb
タイトルCrystal structure of Rv2671 from Mycobacterium tuberculosis
要素RV2671
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bacterial bifunctional deaminase-reductase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cheng, Y.S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI107774 米国
R.J. Wolfe-Welch FoundationA-0015 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Mycobacterium tuberculosis Rv2671 Protein as a Dihydrofolate Reductase Functional Analogue Contributing to para-Aminosalicylic Acid Resistance.
著者: Cheng, Y.S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RV2671
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5733
ポリマ－27,7211
非ポリマー8522
水1,22568
1
A: RV2671
ヘテロ分子

A: RV2671
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1466
ポリマ－55,4432
非ポリマー1,7034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area9390 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.355, 96.608, 75.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RV2671


分子量: 27721.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ribD, Rv2671, RVBD_2671, LH57_14640, P425_02787 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71968
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M Bis(2-hydroxyethyl)-amino-tris(hydroxymethyl)-methane) pH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21013 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 29.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.439 / Net I/av σ(I): 50.876 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 149934
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.937.30.2910440.9610.1160.3121.042100
1.93-1.977.30.24210170.9770.0960.2610.959100
1.97-2.017.30.20310570.9840.0810.2180.98100
2.01-2.057.30.16210330.9890.0640.1750.969100
2.05-2.097.30.15410580.9890.0620.1661.059100
2.09-2.147.30.11610190.9940.0460.1250.995100
2.14-2.197.30.110540.9960.0390.1071.034100
2.19-2.257.30.08710480.9960.0340.0931.104100
2.25-2.327.30.08410540.9970.0330.091.129100
2.32-2.397.30.07710410.9970.030.0821.122100
2.39-2.487.30.06810520.9970.0270.0731.221100
2.48-2.587.30.06810510.9960.0270.0741.443100
2.58-2.77.20.06810540.9970.0270.0731.836100
2.7-2.847.20.06410610.9970.0250.0692.036100
2.84-3.027.10.05810680.9970.0230.0622.208100
3.02-3.257.10.04710610.9980.0190.0512.104100
3.25-3.586.90.03710690.9990.0150.042.008100
3.58-4.096.90.03110710.9990.0130.0341.86299.9
4.09-5.166.70.03110660.9980.0130.0331.84697.8
5.16-506.10.03410350.9980.0150.0372.01889.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
REFMAC精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2p4g

2p4g


解像度: 1.9→27.358 Å / FOM work R set: 0.86 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2005 1077 5.13 %
Rwork0.1756 19916 -
obs0.1768 20993 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.14 Å2 / Biso mean: 36.43 Å2 / Biso min: 14.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→27.358 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 52 68 1971
Biso mean--48.7 38.93 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9562640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.137316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.408715
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8924-1.97860.2481370.20052413255099
1.9786-2.08280.21691410.18524872628100
2.0828-2.21330.2211450.172624672612100
2.2133-2.38410.19641300.176824772607100
2.3841-2.62380.25221260.179225142640100
2.6238-3.00310.21491550.181824962651100
3.0031-3.7820.18071240.168725442668100
3.782-27.36130.17971190.17292518263795
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.8749 Å / Origin y: 27.2598 Å / Origin z: 12.5363 Å
111213212223313233
T0.1724 Å2-0.0119 Å20.009 Å2-0.1755 Å20.0348 Å2--0.1346 Å2
L1.8934 °20.592 °20.4057 °2-1.5735 °20.2536 °2--0.6441 °2
S-0.062 Å °-0.0469 Å °0.0568 Å °-0.1754 Å °0.071 Å °0.143 Å °-0.0103 Å °-0.141 Å °-0.0006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 258
2X-RAY DIFFRACTION1allA259 - 260
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 126

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る