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万見
- PDB-4xr5: X-ray structure of the unliganded thymidine phosphorylase from Sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xr5
タイトルX-ray structure of the unliganded thymidine phosphorylase from Salmonella typhimurium at 2.05 A resolution
要素Thymidine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / thymidine phosphorylase / nucleoside / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidine phosphorylase / thymidine phosphorylase activity / thymidine metabolic process / pyrimidine nucleobase metabolic process / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidine phosphorylase / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, bacterial/eukaryotic / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain / Thymidine/pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Pyrimidine nucleoside phosphorylase, C-terminal / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, conserved site / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain superfamily / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Thymidine and pyrimidine-nucleoside phosphorylases signature. / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain ...Thymidine phosphorylase / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, bacterial/eukaryotic / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain / Thymidine/pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Pyrimidine nucleoside phosphorylase, C-terminal / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, conserved site / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain superfamily / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Thymidine and pyrimidine-nucleoside phosphorylases signature. / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Thymidine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Balaev, V.V. / Lashkov, A.A. / Gabdulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research14-04-00952 ロシア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structural investigation of the thymidine phosphorylase from Salmonella typhimurium in the unliganded state and its complexes with thymidine and uridine.
著者: Balaev, V.V. / Lashkov, A.A. / Gabdulkhakov, A.G. / Dontsova, M.V. / Seregina, T.A. / Mironov, A.S. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidine phosphorylase
B: Thymidine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6917
ポリマ－94,0992
非ポリマー5925
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.942, 171.213, 45.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Thymidine phosphorylase / TdRPase


分子量: 47049.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: deoA, STM4568 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CP66, thymidine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis Tris propane, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.72 Å / Num. all: 58911 / Num. obs: 58911 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.08 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.021 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X46

4x46


解像度: 2.05→47.716 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 2735 5 %Random selection
Rwork0.2212 51931 --
obs0.2225 54666 95.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.21 Å2 / Biso mean: 51.8461 Å2 / Biso min: 23.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→47.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6582 0 38 89 6709
Biso mean--61.31 47.13 -
残基数----880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2759072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.282476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.08540.38631380.33632609274797
2.0854-2.12330.35411360.33772573270997
2.1233-2.16410.35771340.3272560269495
2.1641-2.20830.36371380.32582604274298
2.2083-2.25630.33711340.3142550268494
2.2563-2.30880.37511340.31932560269497
2.3088-2.36650.32531360.30112584272096
2.3665-2.43050.35151370.29492583272097
2.4305-2.5020.31511360.29622583271995
2.502-2.58280.32041370.2812612274997
2.5828-2.67510.32571370.28432594273195
2.6751-2.78220.31241390.27842638277798
2.7822-2.90880.29091350.26562580271596
2.9088-3.06210.25471370.25622605274295
3.0621-3.25390.24491370.23732600273795
3.2539-3.50510.24431370.21152589272695
3.5051-3.85770.20691370.18422617275495
3.8577-4.41560.18081360.16122583271993
4.4156-5.56180.21481360.16022587272392
5.5618-47.72850.17361440.16442720286492
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5055-0.9764-0.35950.99570.16950.30180.0490.35120.3401-0.1675-0.0638-0.1934-0.0898-0.0193-0.01030.3383-0.01730.00870.38870.19990.546414.390638.8613-23.8302
21.3163-0.7586-0.06550.94280.63020.198-0.07510.39710.121-0.110.0502-0.1641-0.03180.04280.00460.3697-0.03290.00220.40140.19910.53812.492344.139-20.331
32.57380.38090.49361.2430.2021.0103-0.02790.04720.18720.1440.01820.05860.0019-0.05860.02180.3411-0.00060.0210.2910.19240.4972-13.881146.883-12.7494
42.4601-0.36670.07991.33440.54760.54820.02320.5634-0.1830.0129-0.08480.43320.1505-0.07290.05650.3556-0.00810.04370.3968-0.010.342813.21272.7152-32.4342
51.4635-0.7246-0.39260.4831-0.38661.16250.24660.31330.1177-0.1279-0.30980.4627-0.1129-0.1350.04710.5072-0.0108-0.04421.0152-0.17390.449322.8334-5.7204-50.3018
61.5786-1.2584-0.48441.4338-0.51970.56490.05990.49050.2788-0.05090.02770.1182-0.071-0.01490.03290.36370.01440.02860.4122-0.00210.274322.38673.3694-31.4014
73.28960.6158-0.10671.04040.25020.59680.01951.0796-0.0332-0.23830.01110.0847-0.0194-0.0942-0.00310.39880.0488-0.01570.6334-0.0570.161240.7062-1.8392-43.3605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 105 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 252 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 253 through 440 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 105 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 106 through 161 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 162 through 230 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 231 through 440 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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