PDB-4xqt: Crystal structure of human FPPS in complex with three magnesium ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xqt

タイトル

Crystal structure of human FPPS in complex with three magnesium ions

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Park, J. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human FPPS in complex with three magnesium ions
著者: Park, J. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2015年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xqt.cif.gz	154.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xqt.ent.gz	119.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xqt_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xqt_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	4xqt_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	4xqt_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f7mS 4xqr 4xqs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5djr-1 4xqs-1 5ksx-1 4p0x-1 5jv0-1 5jv1-1 6n7y-1 3n1v-1 5ja0-1 3n1w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.340, 110.340, 78.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.36 M magnesium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月29日
放射	モノクロメーター: ACCEL/Bruker double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.14 Å / Num. obs: 28729 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2F7M

2f7m

解像度: 2.1→45.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 14.589 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22684	1437	5 %	RANDOM
R_work	0.19104	-	-	-
obs	0.19292	27256	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2632	0	13	66	2711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.785	1.968	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.892	3	5766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.873	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.576	24.417	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.048	15	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.719	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.876	3.585	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.874	3.584	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.049	5.367	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.048	5.368	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.76	3.754	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.525	3.723	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.947	5.496	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.731	29.377	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.721	29.13	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	109	-
R_work	0.335	1965	-
obs	-	-	99.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.5436	4.719	-2.0859	7.838	-3.0102	6.2144	-0.2417	0.2492	0.1866	0.0751	0.4461	0.4564	0.3741	-0.7478	-0.2044	0.3746	-0.0798	-0.0907	0.3832	-0.0678	0.1986	1.5278	80.6043	10.6071
2	8.8238	1.3672	-0.6875	0.2309	-0.1296	0.0825	0.1232	-0.1028	1.0363	-0.0137	0.0232	0.2212	0.0521	-0.0422	-0.1465	0.5495	-0.0244	0.0465	0.4624	-0.0092	0.4008	13.3095	91.8261	-2.5215
3	5.6247	-0.2379	-3.447	2.7594	-0.0076	4.5129	-0.0144	0.5952	-0.3943	-0.4023	0.0762	0.6782	0.163	-0.6644	-0.0618	0.1903	-0.085	-0.1126	0.2804	0.014	0.2161	2.9865	83.8451	14.8755
4	7.6892	-2.8137	-0.0247	5.0358	-0.7621	1.3433	-0.0818	0.1087	-0.3545	-0.2591	0.029	0.0712	0.2688	-0.1463	0.0528	0.186	-0.0366	0.0127	0.1022	-0.0148	0.0188	17.7769	80.7298	16.6052
5	8.9991	-4.5185	4.539	4.6666	-3.2872	4.7275	0.0081	-0.1372	-0.0776	0.0468	0.0784	0.1551	-0.0808	-0.0377	-0.0865	0.1168	-0.0411	0.0615	0.1666	-0.0072	0.0835	11.9957	92.1847	25.9469
6	0.4179	0.0361	0.1708	0.0088	0.0163	0.0703	0.0136	0.1712	-0.1925	-0.0241	0.0569	0.0071	0.0017	0.0838	-0.0705	0.5413	0.0648	-0.0186	0.5402	0.0818	0.4405	30.5714	74.2593	39.5493
7	7.7446	-2.2882	2.0022	4.6183	-2.5085	4.432	-0.0661	-0.4472	0.2891	0.4456	-0.0333	-0.0379	-0.1061	0.1259	0.0994	0.1371	-0.0387	0.0384	0.2445	-0.009	0.0274	8.8687	86.3281	34.6871
8	4.6147	-2.4224	0.1736	7.0259	-2.3675	2.5002	-0.0824	-0.4052	-0.6428	0.0138	-0.2137	-0.1735	0.4245	0.3858	0.2961	0.2728	0.0389	0.0934	0.4165	0.1242	0.1597	12.0993	72.6359	39.0879
9	3.4204	1.9917	0.6535	2.2682	2.8757	7.5569	-0.1894	-0.1625	-0.4078	0.2838	0.1949	-0.5691	0.3035	1.2698	-0.0055	0.6332	0.2257	-0.039	0.9121	0.3981	0.8376	27.6321	62.9696	43.7254
10	6.9407	-3.5884	1.6538	4.405	-2.3168	2.0388	0.0849	-0.2934	-0.3015	0.053	-0.113	0.1128	0.4371	0.1038	0.0281	0.3305	0.0101	0.0698	0.3402	0.0363	0.1585	2.4386	74.3101	41.8851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	F	11 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	30 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	37 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	94 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	148 - 178
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	179 - 185
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	186 - 224
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	225 - 280
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	281 - 298
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	299 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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