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- PDB-4xqm: Crystal structure of the MRH domain of Glucosidase II beta bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xqm
タイトルCrystal structure of the MRH domain of Glucosidase II beta bound to mannose
要素Glucosidase 2 subunit beta
キーワードHYDROLASE / sugar binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan binding / glucosidase II complex / N-glycan processing / protein N-linked glycosylation / enzyme-substrate adaptor activity / D-mannose binding / enzyme regulator activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Glucosidase II beta subunit, N-terminal / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase 2 subunit beta-like / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / MRH domain / MRH domain profile. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily ...Glucosidase II beta subunit, N-terminal / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase 2 subunit beta-like / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / MRH domain / MRH domain profile. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Glucosidase 2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.625 Å
データ登録者Olson, L.J. / Dahms, N.M. / Kim, J.-J.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042667 米国
Mizutani Foundation for Glycoscience10-0056 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure and Functional Analyses of the Lectin Domain of Glucosidase II: Insights into Oligomannose Recognition.
著者: Olson, L.J. / Orsi, R. / Peterson, F.C. / Parodi, A.J. / Kim, J.J. / D'Alessio, C. / Dahms, N.M.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Other
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosidase 2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7242
ポリマ－10,5441
非ポリマー1801
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.571, 57.571, 58.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

HOH

21A-673-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glucosidase 2 subunit beta / Alpha-glucosidase 2 subunit beta


分子量: 10543.977 Da / 分子数: 1 / 断片: MRH domain (UNP residues 380-473) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: gtb1, gls2-beta, SPCC825.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9USH8, EC: 3.2.1.84
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: 10mg/ml protein in 20mM Tris pH 7.5, 150mM NaCl, 100mM mannose mixed 1:1 with 100 mM triethanolamine HCl pH 8.25, 200 mM potassium glutamate, 28% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 12000 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.521 / Net I/av σ(I): 49.61 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 153936
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.62-1.653.70.3954671.19179.6
1.65-1.686.10.4166041.28299.5
1.68-1.719.10.4045951.296100
1.71-1.7511.20.3526111.491100
1.75-1.7812.60.3176201.489100
1.78-1.8213.30.2785841.393100
1.82-1.8713.50.2346121.688100
1.87-1.9213.80.1956111.832100
1.92-1.9813.90.1645841.653100
1.98-2.04140.1486041.619100
2.04-2.11140.1196061.651100
2.11-2.214.10.0946131.584100
2.2-2.314.10.0936011.523100
2.3-2.4214.30.086071.495100
2.42-2.5714.30.0676091.428100
2.57-2.7714.40.066101.359100
2.77-3.0514.50.0516011.517100
3.05-3.4914.50.0386121.478100
3.49-4.414.60.036141.38100
4.4-5014.30.036351.57499.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SHELX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.625→29.161 Å / FOM work R set: 0.8862 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 2354 10.07 %
Rwork0.1673 21024 -
obs0.1703 23378 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.48 Å2 / Biso mean: 17.69 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.625→29.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数737 0 12 142 891
Biso mean--18.56 27.24 -
残基数----94
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3961027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.802288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6251-1.65820.36611050.31561073117885
1.6582-1.69430.24321370.26991215135299
1.6943-1.73370.25841500.213212561406100
1.7337-1.7770.20111200.192612491369100
1.777-1.82510.2141400.184312631403100
1.8251-1.87880.18591400.175912341374100
1.8788-1.93940.22221440.175512701414100
1.9394-2.00870.19271420.171312321374100
2.0087-2.08910.23211420.18412581400100
2.0891-2.18410.19511520.153612291381100
2.1841-2.29930.21721380.164312461384100
2.2993-2.44320.20191350.165912411376100
2.4432-2.63180.23181420.16712841426100
2.6318-2.89640.21651320.163812361368100
2.8964-3.3150.18481420.162812531395100
3.315-4.17460.17051560.131612431399100
4.1746-29.16520.1421370.158112421379100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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