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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xq5 | |||||||||
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タイトル | Human-infecting H10N8 influenza virus retains strong preference for avian-type receptors | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.592 Å | |||||||||
データ登録者 | Tzarum, N. / Zhang, H. / Zhu, X. / Wilson, I.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2015 タイトル: A Human-Infecting H10N8 Influenza Virus Retains a Strong Preference for Avian-type Receptors. 著者: Zhang, H. / de Vries, R.P. / Tzarum, N. / Zhu, X. / Yu, W. / McBride, R. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xq5.cif.gz | 299.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xq5.ent.gz | 242.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xq5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xq5_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xq5_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4xq5_validation.xml.gz | 55.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xq5_validation.cif.gz | 77 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xq5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35283.781 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 18-336 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Jiangxi/IPB13/2013(H10N8) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0A059T4A1 #2: タンパク質 | 分子量: 20698.766 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 342-514 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Jiangxi/IPB13/2013(H10N8) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0A059T4A1 #3: 多糖 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NaSCN, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.592→50 Å / Num. obs: 60451 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.151 / Net I/av σ(I): 13.775 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 274246 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4N5J 解像度: 2.592→48.062 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.32 Å2 / Biso mean: 32.3276 Å2 / Biso min: 4.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.592→48.062 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.592→2.6347 Å /
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