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- PDB-4xpj: Crystal structure of Nerve growth factor in complex with lysophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xpj
タイトルCrystal structure of Nerve growth factor in complex with lysophosphatidylinositol
要素Beta-nerve growth factor
キーワードHORMONE / Nerve Growth Factor / LysoPI
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / NRIF signals cell death from the nucleus ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / Retrograde neurotrophin signalling / NF-kB is activated and signals survival / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron maturation / nerve growth factor signaling pathway / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of collateral sprouting / peripheral nervous system development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuron differentiation / positive regulation of DNA binding / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / positive regulation of axon extension / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / neuron projection morphogenesis / positive regulation of protein ubiquitination / endosome lumen / growth factor activity / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / neuron projection development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endoplasmic reticulum lumen / lipid binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LPY / Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.605 Å
データ登録者Sun, H.L. / Jiang, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: The structure of nerve growth factor in complex with lysophosphatidylinositol
著者: Sun, H.L. / Jiang, T.
履歴
登録2015年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_nat / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5133
ポリマ－26,9832
非ポリマー5311
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.689, 96.689, 164.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 13491.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01139
#2: 化合物 ChemComp-LPY / (2R)-2-hydroxy-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl tridecanoate / sn-1-tridecanoyl-phosphatidylinositol


分子量: 530.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H43O12P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M imidazole, 1.0 M Na acetate / PH範囲: 6.3 - 6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 8340 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.58
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EAX

4eax


解像度: 2.605→37.304 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 414 4.96 %
Rwork0.1952 --
obs0.1987 8340 89.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.605→37.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1655 0 35 60 1750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0852332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.927605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6048-2.98150.32431060.22962008X-RAY DIFFRACTION69
2.9815-3.75590.28661430.1972923X-RAY DIFFRACTION100
3.7559-37.30810.24051650.18512995X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.0555 Å / Origin y: 4.5736 Å / Origin z: 14.2545 Å
111213212223313233
T0.2385 Å20.0718 Å20.0245 Å2-0.5008 Å2-0.0829 Å2--0.2474 Å2
L3.6369 °20.0132 °2-0.8618 °2-2.0848 °20.5325 °2--1.5829 °2
S-0.1928 Å °-0.1224 Å °0.0249 Å °0.1827 Å °-0.0886 Å °0.5142 Å °-0.0886 Å °-0.5743 Å °0.2215 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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