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万見
- PDB-4xp7: Crystal structure of Human tRNA dihydrouridine synthase 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xp7
タイトルCrystal structure of Human tRNA dihydrouridine synthase 2
要素tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like
キーワードOXIDOREDUCTASE / tRNA / DUS
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase inhibitor activity / antiviral innate immune response / NADPH binding / PKR-mediated signaling / double-stranded RNA binding ...tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase inhibitor activity / antiviral innate immune response / NADPH binding / PKR-mediated signaling / double-stranded RNA binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding / endoplasmic reticulum / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DUS2, double-stranded RNA binding domain / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA-binding domain / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FNR / tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Whelan, F. / Jenkins, H.T. / Griffiths, S. / Byrne, R.T. / Dodson, E.J. / Antson, A.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust081916 英国
Wellcome Trust098230 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: From bacterial to human dihydrouridine synthase: automated structure determination.
著者: Whelan, F. / Jenkins, H.T. / Griffiths, S.C. / Byrne, R.T. / Dodson, E.J. / Antson, A.A.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1292
ポリマ－38,6711
非ポリマー4581
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.252, 49.562, 69.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like / Dihydrouridine synthase 2 / Up-regulated in lung cancer protein 8 / URLC8 / tRNA-dihydrouridine ...Dihydrouridine synthase 2 / Up-regulated in lung cancer protein 8 / URLC8 / tRNA-dihydrouridine synthase 2-like / hDUS2


分子量: 38670.527 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUS2, DUS2L / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NX74, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 % / 解説: Rod-like clusters that separate readily
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M MES Malic Tris pH 4, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.02 Å / Num. all: 24244 / Num. obs: 24244 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3 % / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.075 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 7.552 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 72405
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-22.80.5851.3991935150.4140.5851.797.8
2-2.122.90.3172.4968833830.2220.3173.298.9
2.12-2.272.90.1834.2907631440.1280.1835.398.3
2.27-2.452.90.1276.1847629290.0880.1277.397.8
2.45-2.692.90.0849782226970.0580.08410.297.7
2.69-32.90.05612.7702424060.0380.05614.396.9
3-3.472.90.04813610121100.0330.04818.495.2
3.47-4.252.80.04113.8503717790.0280.04122.194.9
4.25-6.014.40.05111.4633814450.0260.05124.998.5
6.01-49.5623.50.03614.429248360.0230.03622.999.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation46.02 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP11.0.02位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet model

解像度: 1.9→46.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 8.096 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 1236 5.1 %RANDOM
Rwork0.1679 22995 --
obs0.1699 22995 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.29 Å2 / Biso mean: 36.622 Å2 / Biso min: 16.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20.12 Å2
2--1.1 Å2-0 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→46.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 31 196 2693
Biso mean--23.17 39.41 -
残基数----324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.973561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82835710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7855342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4623.75112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26315439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3921522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4462.3731326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4362.3681325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1183.9831664
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 78 -
Rwork0.305 1674 -
all-1752 -
obs--96.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5436-0.16881.08010.8957-0.60062.62160.06130.4253-0.1124-0.0107-0.0496-0.12350.19960.3868-0.01170.07010.03390.0480.0817-0.01150.078721.289-123.471
25.780.23312.16171.7818-0.40954.3588-0.10630.99250.587-0.4311-0.0745-0.1212-0.20940.43250.18080.2536-0.00370.0910.43420.06170.109620.42424.16574.6777
32.7981-0.7251-0.07961.55540.56935.6347-0.06750.0982-0.0128-0.0610.06480.16950.0485-0.48950.00270.0325-0.02070.02830.06120.00820.07971.97120.505724.7661
49.6382-3.35022.35592.7444-0.73611.3299-0.0024-0.05930.09950.13670.0149-0.13610.0518-0.0944-0.01240.15390.02620.01720.10190.00530.103115.3505-6.833447.2673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2A110 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3A221 - 319
4X-RAY DIFFRACTION4A320 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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