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- PDB-4xnr: Vibrio Vulnificus Adenine Riboswitch Aptamer Domain, Synthesized ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xnr
タイトルVibrio Vulnificus Adenine Riboswitch Aptamer Domain, Synthesized by Position-selective Labeling of RNA (PLOR), in Complex with Adenine
要素Vibrio Vulnificus Adenine Riboswitch
キーワードRNA / Riboswitch
機能・相同性ADENINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Zhang, J. / Liu, Y. / Wang, Y.-X. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Synthesis and applications of RNAs with position-selective labelling and mosaic composition.
著者: Liu, Y. / Holmstrom, E. / Zhang, J. / Yu, P. / Wang, J. / Dyba, M.A. / Chen, D. / Ying, J. / Lockett, S. / Nesbitt, D.J. / Ferre-D'Amare, A.R. / Sousa, R. / Stagno, J.R. / Wang, Y.X.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Vibrio Vulnificus Adenine Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9688
ポリマ－22,6871
非ポリマー2817
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.482, 154.682, 25.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: RNA鎖 Vibrio Vulnificus Adenine Riboswitch


分子量: 22687.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio vulnificus (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
解説: Rectangular crystals with maximal dimensions of 250 x 50 x 50 micrometers
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Mg, PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月30日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→49.5 Å / Num. obs: 10358 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 57.658507554 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.92
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZX

4tzx


解像度: 2.21→47.13 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 985 9.95 %Random selection
Rwork0.2 16846 --
obs0.21 10358 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→47.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1502 16 64 1582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0009144356208311688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.2743602048162623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0145149350427355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0014222504387972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0843343738849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.26660.3821440.3681291X-RAY DIFFRACTION98.49
2.2666-2.33320.3321440.3621281X-RAY DIFFRACTION99.92
2.3332-2.40860.3441430.3391284X-RAY DIFFRACTION100
2.4086-2.49460.4071510.3261348X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4946-2.59450.3921380.3251253X-RAY DIFFRACTION99.5
2.5945-2.71260.3681360.3371304X-RAY DIFFRACTION99.86
2.7126-2.85560.3341420.31313X-RAY DIFFRACTION99.86
2.8556-3.03440.3061400.2771293X-RAY DIFFRACTION99.79
3.0344-3.26870.2141390.1941310X-RAY DIFFRACTION99.25
3.2687-3.59750.1771460.1761300X-RAY DIFFRACTION99.52
3.5975-4.11780.2081450.1711302X-RAY DIFFRACTION99.93
4.1178-5.1870.1831450.141276X-RAY DIFFRACTION99.93
5.187-47.130.1351490.1511291X-RAY DIFFRACTION99.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.36160.8122-3.50145.12934.29187.72050.23020.1815-0.29490.30330.8601-0.6012-1.25590.3813-1.14930.52540.14080.01150.564-0.00560.40095.986517.84513.8268
22.2512-1.7743-2.67092.43561.79753.4037-0.01170.672-1.6436-0.169-0.79150.54810.0354-0.24740.78130.77730.2398-0.02230.87940.00311.399712.54623.41111.5239
33.0088-1.16520.84814.4695-1.59151.88420.29590.2432-0.067-0.4089-0.23690.6740.1418-0.0285-0.04560.42490.0753-0.04720.4805-0.10150.4838-10.790727.6976-3.7608
42.2483-0.7038-0.36313.3374-1.27140.63780.18160.27440.1511-0.0028-0.39880.033-0.22670.31130.11010.48780.0723-0.0520.5723-0.1570.4751-1.751232.2687-1.3236
55.79212.07421.97595.4702-0.19574.346-0.37560.155-0.1294-0.32850.17630.3592-0.55850.31960.18620.48220.1320.03660.4278-0.04580.3555-0.569219.5853-1.3402
64.97560.17640.28741.88711.5313.50820.69550.7668-1.4764-0.3632-0.90032.3528-0.0759-0.79740.35720.63180.145-0.18710.7778-0.09231.6608-28.370825.356-7.1179
71.7882-1.41750.29443.9279-0.5692.10150.0312-0.1116-0.23370.3634-0.05980.9282-0.1882-0.0712-0.03690.5604-0.0011-0.08770.477-0.04390.7436-14.393719.8704-2.1986
80.9842-0.32450.73644.43931.01452.5102-0.24380.2574-1.65550.21510.5055-0.57920.1144-0.2037-0.35110.52770.12530.01060.6963-0.06191.011513.99755.5562.8704
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN X AND RESID 101:101 )X101
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN X AND RESID 13:20 )X13 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN X AND RESID 21:38 )X21 - 38
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN X AND RESID 39:46 )X39 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN X AND RESID 47:59 )X47 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN X AND RESID 60:64 )X60 - 64
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN X AND RESID 65:72 )X65 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN X AND RESID 73:83 )X73 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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