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万見
- PDB-4xnn: Crystal Structure of a GH7 Family Cellobiohydrolase from Daphnia pulex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xnn
タイトルCrystal Structure of a GH7 Family Cellobiohydrolase from Daphnia pulex
要素Cellobiohydrolase CHBI
キーワードHYDROLASE / Cellulose 1 / 4-beta-Cellobiosidase / fresh water arthropod / cellulase / Cel7
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
類似検索 - 構成要素
生物種Daphnia pulex (みじんこ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ebrahim, A. / Hobdey, S.E. / Podkaminer, K. / Taylor II, L.E. / Beckham, G.T. / Decker, S.R. / Himmel, M.E. / Cragg, S.M. / McGeehan, J.E.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L001926/1 英国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of a GH7 Family Cellobiohydrolase from Daphnia pulex
著者: Hobdey, S.E. / Ebrahim, A. / Podkaminer, K. / Taylor II, L.E. / Beckham, G.T. / Decker, S.R. / Himmel, M.E. / Cragg, S.M. / McGeehan, J.E.
履歴
登録2015年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 3.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 3.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_refine_tls_group
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id
改定 3.22024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiohydrolase CHBI
B: Cellobiohydrolase CHBI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6454
ポリマ－96,4602
非ポリマー1842
水9,782543
1
A: Cellobiohydrolase CHBI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3222
ポリマ－48,2301
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellobiohydrolase CHBI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3222
ポリマ－48,2301
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.290, 47.020, 173.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Cellobiohydrolase CHBI / GH7 family protein


分子量: 48230.168 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-464 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Daphnia pulex (みじんこ) / 遺伝子: CEL7A, DAPPUDRAFT_347598 / 発現宿主: Trichoderma reesei QM6a (菌類)
参照: UniProt: E9G5J5, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 % / 解説: Thin plate, 110 um x 80 um
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 800mM ammonium sulphate, 100mM sodium citrate, 10mM sodium acetate, 50mM sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
Reflection数: 241715 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1 / D res high: 1.9 Å / Num. obs: 136641 / % possible obs: 90
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
8.543.6131310.028
6.018.5251110.031
4.916.01345510.032
4.254.91390910.033
3.84.25450510.036
3.473.8523710.04
3.213.47592710.046
33.21621010.057
2.833693010.072
2.692.83712310.086
2.562.69772010.109
2.452.56814410.132
2.362.45815710.154
2.272.36854910.17
2.192.27892710.202
2.122.19878510.256
2.062.12945310.308
22.06981610.38
1.952971110.463
1.91.951025910.584
反射解像度: 1.9→43.6 Å / Num. obs: 75459 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.76 % / Biso Wilson estimate: 34.459 Å2 / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 7.85 / Num. measured all: 241715
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.9-1.950.5130.5841.461803011268102590.82691
1.95-20.6340.4631.83169721084397110.65489.6
2-2.060.7140.382.33172911070898160.53791.7
2.06-2.120.7810.3082.93166041036594530.43691.2
2.12-2.190.8290.2563.5515228997287850.36288.1
2.19-2.270.8940.2024.4415649973789270.28591.7
2.27-2.360.9170.175.2215182938285490.2491.1
2.36-2.450.9270.1545.8414287898081570.21890.8
2.45-2.560.9420.1326.8614527859381440.18694.8
2.56-2.690.9560.1098.0913722818977200.15594.3
2.69-2.830.9730.0869.6812572786971230.12290.5
2.83-30.9810.07211.0712497742669300.10293.3
3-3.210.9870.05712.8810966697662100.08189
3.21-3.470.9910.04615.3510602651259270.06591
3.47-3.80.9920.0417.259288599452370.05787.4
3.8-4.250.9930.03618.68092540845050.05183.3
4.25-4.910.9940.03319.316945473639090.04782.5
4.91-6.010.9940.03218.996249402234550.04585.9
6.01-8.50.9950.03119.194590311025110.04380.7
8.5-43.60.9950.02821.072422169813130.0477.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å43.87 Å
Translation1.9 Å43.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YG1

2yg1


解像度: 1.9→43.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2016 / WRfactor Rwork: 0.1563 / FOM work R set: 0.8393 / SU B: 7.109 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.1332 / SU Rfree: 0.1311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2095 3640 4.8 %RANDOM
Rwork0.1637 71506 --
obs0.166 71506 96.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.41 Å2 / Biso mean: 31.657 Å2 / Biso min: 15.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å2-0.18 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6752 0 12 543 7307
Biso mean--37.82 40.56 -
残基数----890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.026950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.9359472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.934314144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7185888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81125.094318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.058151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4841526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0692.3993558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0672.3983557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8333.5864444
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 283 -
Rwork0.258 5225 -
all-5508 -
obs--96.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26930.0062-0.00710.076-0.20390.70270.0014-0.04090.0165-0.0146-0.0391-0.0015-0.00450.08380.03760.04720.00770.01370.03060.00180.0459Chain A-30.87589.688324.0254
20.27480.1164-0.07830.0985-0.12090.74940.0097-0.0477-0.0042-0.02340.0232-0.0141-0.0076-0.061-0.03290.0281-0.01120.01740.07290.00010.0127Chain B-58.059131.67958.4755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 464
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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