PDB-4xme: Crystal structure of nitrophorin 7 from Rhodnius prolixus at pH 7...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xme

タイトル

Crystal structure of nitrophorin 7 from Rhodnius prolixus at pH 7.8 complexed with NO

要素

Nitrophorin-7

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Heme / NO transporter / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular nitric oxide homeostasis / : / response to histamine / nitrite dismutase / negative regulation of coagulation / histamine binding / nitric oxide binding / platelet aggregation / toxin activity / oxidoreductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Ogata, H.

引用

ジャーナル: F1000Res / 年: 2015
タイトル: Structure and dynamics of the membrane attaching nitric oxide transporter nitrophorin 7.
著者: Knipp, M. / Ogata, H. / Soavi, G. / Cerullo, G. / Allegri, A. / Abbruzzetti, S. / Bruno, S. / Viappiani, C. / Bidon-Chanal, A. / Luque, F.J.

履歴

登録	2015年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xme.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xme.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xme_validation.pdf.gz	821.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xme_full_validation.pdf.gz	823.1 KB	表示
XML形式データ	4xme_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	4xme_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/4xme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/4xme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xmcC 4xmdC 4xmfC 4xmgC 4xmhC 3mvfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xmf-d 4xmd-d 4xmg-d 5m6j-d 5m6k-d 4np1-2 1u17-1 3i0a-1 1pee-d 4zhh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrophorin-7

ヘテロ分子

21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.887, 67.052, 39.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nitrophorin-7 / NP7 / Nitrite dismutase 分子量: 20759.660 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PQK2, nitrite dismutase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25%(w/v) PEG 3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 7.8, 0.25%(w/v) Gly-Gly, 0.25%(w/v) Gly-Gly-Gly, 0.25%(w/v) Gly- Gly-Gly-Gly, 0.25%(w/v) pentaglycine, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→34.71 Å / Num. obs: 83829 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.29→1.32 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.925 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 2011_08_24_1020)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MVF

3mvf

解像度: 1.29→34.71 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	4183	4.99 %
R_work	0.1706	-	-
obs	0.1723	83819	94.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.621 Å² / k_sol: 0.404 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7207 Å²	0 Å²	1.0778 Å²
2-	-	1.1001 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6206 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→34.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1461	0	51	150	1662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1552
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	2098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.898	566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	220
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2871-1.3018	0.3906	107	0.4004	2067	X-RAY DIFFRACTION	73
1.3018-1.3171	0.3387	139	0.3541	2587	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3171-1.3331	0.3628	139	0.3251	2685	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3331-1.35	0.3164	137	0.3114	2673	X-RAY DIFFRACTION	93
1.35-1.3678	0.3113	134	0.2896	2575	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3678-1.3865	0.2928	138	0.2618	2639	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3865-1.4063	0.3038	134	0.2622	2459	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4063-1.4273	0.2578	126	0.2415	2461	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4273-1.4496	0.265	147	0.2214	2756	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4496-1.4734	0.2412	143	0.1964	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4734-1.4988	0.2337	148	0.184	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4988-1.5261	0.2185	139	0.1748	2683	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5261-1.5554	0.2001	144	0.1698	2799	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5554-1.5872	0.1714	137	0.1505	2669	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5872-1.6217	0.188	144	0.1408	2771	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6217-1.6594	0.1928	137	0.1337	2632	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6594-1.7009	0.1592	143	0.1319	2671	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7009-1.7469	0.1441	132	0.1277	2503	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7469-1.7983	0.2056	142	0.1293	2664	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7983-1.8563	0.1585	153	0.1412	2821	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8563-1.9226	0.1957	144	0.1353	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9226-1.9996	0.1868	146	0.1323	2773	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9996-2.0906	0.1846	143	0.1388	2755	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0906-2.2008	0.169	141	0.1534	2668	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2008-2.3387	0.1733	139	0.1511	2612	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3387-2.5192	0.1939	132	0.1652	2506	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5192-2.7726	0.2322	150	0.181	2803	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7726-3.1736	0.2058	145	0.1779	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1736-3.9975	0.1906	140	0.1638	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9975-34.7268	0.2108	140	0.1694	2698	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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