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- PDB-4xm8: Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xm8
タイトルAnthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket
要素Lethal factor
キーワードTOXIN / HYDROLASE / Anthrax toxin / lethal factor / metalloproteinase / metalloprotease / structural dynamics / ligand-induced conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


anthrax lethal factor endopeptidase / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 ...Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-41T / Lethal factor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Maize, K.M. / Finzel, B.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI091790-01 米国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Ligand-induced expansion of the S1' site in the anthrax toxin lethal factor.
著者: Maize, K.M. / Kurbanov, E.K. / Johnson, R.L. / Amin, E.A. / Finzel, B.C.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8743
ポリマ－60,4361
非ポリマー4382
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.631, 77.076, 138.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lethal factor / LF / Anthrax lethal toxin endopeptidase component


分子量: 60436.047 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 298-809 / 変異: A266S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: lef, pXO1-107, BXA0172, GBAA_pXO1_0172 / プラスミド: pMCSG10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS
参照: UniProt: P15917, anthrax lethal factor endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-41T / N-hydroxy-N~2~-{[3-(methoxymethyl)phenyl]sulfonyl}-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide


分子量: 372.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H28N2O5S
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→77.076 Å / Num. obs: 17580 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Num. measured all: 104853
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.7-2.7095.60.21590316199.4
12.515-77.0764.80.049102621698.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YQY

1yqy


解像度: 2.7→46.155 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 842 4.8 %
Rwork0.2218 16683 -
obs0.2243 17525 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.99 Å2 / Biso mean: 28.9482 Å2 / Biso min: 2.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→46.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3996 0 26 51 4073
Biso mean--34.95 17.77 -
残基数----500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6735526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8611529
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.86920.40391470.34022715286299
2.8692-3.09070.33021350.271727272862100
3.0907-3.40160.32261400.233627732913100
3.4016-3.89360.24841400.199527582898100
3.8936-4.90460.2091410.178227972938100
4.9046-46.16210.24391390.20262913305298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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