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- PDB-4xly: The complex structure of KS-D75C with substrate CPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xly
タイトルThe complex structure of KS-D75C with substrate CPP
要素Uncharacterized protein blr2150
キーワードHYDROLASE / Diterpene synthases
機能・相同性Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / Chem-ECP / Uncharacterized protein blr2150
機能・相同性情報
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Hu, Y. / Zheng, Y. / Ko, T.P. / Liu, W. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Structure, function and inhibition of ent-kaurene synthase from Bradyrhizobium japonicum.
著者: Liu, W. / Feng, X. / Zheng, Y. / Huang, C.H. / Nakano, C. / Hoshino, T. / Bogue, S. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Cui, Y. / Li, J. / Wang, I. / Hsu, S.T. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein blr2150
B: Uncharacterized protein blr2150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7134
ポリマ－66,8122
非ポリマー9012
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.814, 65.814, 136.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein blr2150 / ORF8


分子量: 33406.051 Da / 分子数: 2 / 変異: D75C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (根粒菌)
株: JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110 / 遺伝子: blr2150 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21trxB(DE3) / 参照: UniProt: Q45222
#2: 化合物 ChemComp-ECP / (2E)-3-methyl-5-[(1R,4aR,8aR)-5,5,8a-trimethyl-2-methylidenedecahydronaphthalen-1-yl]pent-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / (5β,9α,10α)-ラブダ-8(20),13-ジエン-15-オ-ル15-二りん酸


分子量: 450.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O7P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M ammonium tartrate dibasic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→25 Å / Num. obs: 51614 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 42.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5123 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W3F

3w3f
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.82→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3582 -RANDOM
Rwork0.2 66780 --
all-51739 --
obs-50837 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4103 0 58 376 4537
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.9 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.31 -
Rwork0.28 -
obs-3310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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