ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (phenix.refine: 1.9_1692)精密化 | SBC-Collect | | データ収集 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | Coot | | モデル構築 | HKL-3000 | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.298 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2487 | 533 | 4.66 % | Random selection |
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Rwork | 0.1934 | - | - | - |
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obs | 0.1959 | 5956 | 83.48 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.298 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1000 | 0 | 0 | 60 | 1060 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 1029 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.627 | 1398 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.955 | 378 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.023 | 166 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 180 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.3002-2.5316 | 0.3162 | 88 | 0.2397 | 2144 | X-RAY DIFFRACTION | 65 | 2.5316-2.8976 | 0.2672 | 143 | 0.2274 | 2638 | X-RAY DIFFRACTION | 82 | 2.8976-3.6496 | 0.2739 | 167 | 0.2029 | 3090 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 3.6496-29.3006 | 0.2048 | 135 | 0.1651 | 3043 | X-RAY DIFFRACTION | 92 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.7811 | 1.8066 | -0.0482 | 5.5436 | 1.2296 | 1.1391 | 0.1279 | -0.3546 | -0.2418 | 0.7931 | -0.2089 | 1.3265 | 0.0673 | -0.0562 | 0.0167 | 0.2315 | -0.0604 | 0.1198 | 0.2541 | 0.087 | 0.4111 | 11.8394 | 7.2912 | 56.9037 | 2 | 6.7055 | -1.6194 | -2.4075 | 9.1661 | 0.5631 | 0.8563 | -0.2176 | 1.1399 | -0.8714 | -0.9532 | -0.0638 | 1.1894 | -0.1716 | -0.6698 | -0.0786 | 0.2736 | -0.1338 | -0.02 | 0.3147 | -0.0775 | 0.2529 | 16.8234 | 5.6146 | 50.0815 | 3 | 8.3961 | -5.4386 | 0.1995 | 6.2011 | -3.2693 | 7.3624 | 0.2088 | 1.5539 | -0.3207 | -1.5169 | -0.2153 | 0.5863 | 0.699 | 0.4406 | -0.6997 | 0.342 | -0.0413 | -0.0331 | 0.2849 | 0.1321 | 0.1358 | 20.5596 | 14.3628 | 45.4044 | 4 | 6.3159 | 1.0871 | -1.5683 | 6.1405 | -0.0249 | 3.633 | -0.0923 | 0.1489 | -0.7351 | 0.06 | -0.1731 | 0.1352 | 0.6994 | -0.1879 | 0.0758 | 0.1682 | -0.0427 | -0.0398 | 0.2007 | 0.0334 | 0.1999 | 24.6141 | 2.804 | 53.8689 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 0 through 50 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 51 through 64 )3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 65 through 76 )4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 77 through 129 ) | | | |
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