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- PDB-4xl8: Crystal Structure of Human Adenovirus 52 Short Fiber Knob in Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xl8
タイトルCrystal Structure of Human Adenovirus 52 Short Fiber Knob in Complex with 2-O-Methyl-5-N-Acetylneuraminic Acid
要素Fiber-1
キーワードVIRAL PROTEIN / sialic acid / viral attachment / fiber knob / protein carbohydrate interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / GLUTAMIC ACID / 2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / Fiber-1
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 52 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Stehle, T. / Liaci, A.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 685 ドイツ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Human Adenovirus 52 Uses Sialic Acid-containing Glycoproteins and the Coxsackie and Adenovirus Receptor for Binding to Target Cells.
著者: Lenman, A. / Liaci, A.M. / Liu, Y. / Ardahl, C. / Rajan, A. / Nilsson, E. / Bradford, W. / Kaeshammer, L. / Jones, M.S. / Frangsmyr, L. / Feizi, T. / Stehle, T. / Arnberg, N.
履歴
登録2015年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Other
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32015年7月22日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 2.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber-1
B: Fiber-1
C: Fiber-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,63711
ポリマ－67,2633
非ポリマー1,3748
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.770, 81.610, 92.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABC

#1: タンパク質 Fiber-1 / Adenovirus 52 short fiber knob


分子量: 22420.875 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 183-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tagged knob domain of short fiber (fiber-1)
由来: (組換発現) Human adenovirus 52 (ヒトアデノウイルス)
プラスミド: pQE-30Xa / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0MK70
#2: 糖 ChemComp-MNA / 2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / 2-O-METHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D- NEURAMINIC ACID / 2-O-メチル-N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 323.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO9
識別子タイププログラム
2-O-methyl-5-N-acetyl-a-D-neuraminic acidIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 7種, 357分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#6: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% (w/V) PEG1000, 12.5% (w/V) PEG3350, 12.5% (w/V) MPD, 0.02 mM of each Na L glutamate, DL alanine, glycine, DL lysine HCl, and DL serine, 0.1 M Tris/Bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 58970 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.683 / Rsym value: 1.303 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nob

1nob


解像度: 1.65→37.48 Å / FOM work R set: 0.9067 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1737 2946 5 %
Rwork0.151 56017 -
obs0.1522 58963 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.43 Å2 / Biso mean: 18.95 Å2 / Biso min: 5.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→37.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3786 0 93 351 4230
Biso mean--25.47 30.91 -
残基数----499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.395769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101687
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7441569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6474-1.67450.26011320.2682508X-RAY DIFFRACTION94
1.6745-1.70330.24891370.22992610X-RAY DIFFRACTION100
1.7033-1.73430.24731410.21922662X-RAY DIFFRACTION100
1.7343-1.76770.23061370.20382605X-RAY DIFFRACTION100
1.7677-1.80370.23331390.1942646X-RAY DIFFRACTION100
1.8037-1.8430.22011390.1862652X-RAY DIFFRACTION100
1.843-1.88580.2211400.17132654X-RAY DIFFRACTION100
1.8858-1.9330.16941400.16472653X-RAY DIFFRACTION100
1.933-1.98530.1781380.15382645X-RAY DIFFRACTION100
1.9853-2.04370.15941410.1432679X-RAY DIFFRACTION100
2.0437-2.10960.17681390.14172632X-RAY DIFFRACTION100
2.1096-2.1850.18391380.13982639X-RAY DIFFRACTION100
2.185-2.27250.16491410.14212670X-RAY DIFFRACTION100
2.2725-2.37590.18751410.14042675X-RAY DIFFRACTION100
2.3759-2.50110.16441410.13862684X-RAY DIFFRACTION100
2.5011-2.65780.15671410.14692682X-RAY DIFFRACTION100
2.6578-2.86290.15311410.14362668X-RAY DIFFRACTION100
2.8629-3.15090.18491430.1462722X-RAY DIFFRACTION100
3.1509-3.60650.15291420.13232705X-RAY DIFFRACTION100
3.6065-4.54260.14881450.12292749X-RAY DIFFRACTION100
4.5426-37.48920.15761500.15692877X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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