PDB-4xky: Structure of dihydrodipicolinate synthase from the commensal bact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xky

タイトル

Structure of dihydrodipicolinate synthase from the commensal bacterium Bacteroides thetaiotaomicron at 2.1 A resolution

要素

(Dihydrodipicolinate synthase) x 2

キーワード

LYASE / Dihydrodipicolinate Synthase / Diaminopimelate / Lysine / Tetramer / Aldolase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mank, N.J. / Arnette, A.K. / Klapper, V.G. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of dihydrodipicolinate synthase from the commensal bacterium Bacteroides thetaiotaomicron at 2.1 angstrom resolution.
著者: Mank, N. / Arnette, A. / Klapper, V. / Offermann, L. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2015年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xky.cif.gz	463 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xky.ent.gz	381.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7loy-2 5c54-2 2vc6-1 5c55-1 6xgs-d 4ime-1 3si9-d 4i7v-d 1xxx-2 1f5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

C: Dihydrodipicolinate synthase

D: Dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.903, 91.988, 208.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate synthase 分子量: 32818.891 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-304 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A3Z0
#2: タンパク質	Dihydrodipicolinate synthase 分子量: 32802.891 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 5-304 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A3Z0
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 % / 解説: Rod like
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.8 M Sodium Chloride, 0.1 M Succinate pH 7, 0.1 M Acetate pH 4.6, 15% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 76582 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 0.87 / Net I/av σ(I): 25.417 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 616664

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	8.3	0.718	3759	0.874	0.264	0.765	0.517	100
2.14-2.18	8.3	0.592	3774	0.911	0.217	0.631	0.535	100
2.18-2.22	8.3	0.526	3791	0.924	0.193	0.561	0.558	100
2.22-2.26	6.1	0.627	3780	0.851	0.26	0.68	1.762	99.4
2.26-2.31	8	0.43	3744	0.947	0.161	0.459	0.647	100
2.31-2.37	8.3	0.315	3812	0.966	0.115	0.336	0.611	100
2.37-2.42	8.4	0.278	3829	0.971	0.102	0.297	0.615	100
2.42-2.49	8.4	0.235	3768	0.979	0.086	0.251	0.641	100
2.49-2.56	8.3	0.223	3784	0.982	0.082	0.237	0.682	100
2.56-2.65	8.2	0.197	3831	0.983	0.073	0.21	0.737	100
2.65-2.74	8.1	0.201	3808	0.98	0.076	0.214	1.01	100
2.74-2.85	8.3	0.139	3828	0.992	0.051	0.148	0.776	100
2.85-2.98	8.4	0.115	3802	0.993	0.042	0.122	0.81	100
2.98-3.14	8.3	0.093	3827	0.995	0.034	0.099	0.83	100
3.14-3.33	8.3	0.076	3835	0.997	0.028	0.081	0.833	100
3.33-3.59	7.9	0.076	3876	0.997	0.029	0.081	1.194	100
3.59-3.95	7	0.081	3763	0.996	0.032	0.087	1.789	97.5
3.95-4.52	8.1	0.052	3897	0.998	0.019	0.056	1.307	99.9
4.52-5.7	8.1	0.045	3951	0.999	0.017	0.048	1.031	100
5.7-50	7.7	0.037	4123	0.998	0.014	0.039	0.956	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→48.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22054	3846	5 %	RANDOM
R_work	0.18463	-	-	-
obs	0.18647	72649	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.834 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9080	0	5	515	9600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	9387
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	9043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.984	12784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.625	3	20834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.364	5	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.462	24.744	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.474	15	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.497	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.941	2.62	4845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.94	2.62	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.223	3.917	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.223	3.918	6067
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.271	2.886	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.271	2.887	4543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.783	4.233	6718
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.881	21.8	10984
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.859	21.595	10855
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	245	-
R_work	0.215	4877	-
obs	-	-	90.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.757	-0.0987	-0.0679	0.5572	-0.0019	1.4906	-0.0352	-0.0746	0.0124	0.1419	0.0332	-0.1063	-0.1581	-0.0021	0.0019	0.0978	-0.0078	-0.0702	0.0202	-0.0103	0.1709	14.786	18.588	-26.838
2	1.0349	-0.1796	0.233	0.4907	-0.3068	0.3957	-0.0144	0.0033	-0.0214	-0.0359	0.0034	-0.0527	0.0045	0.0525	0.0111	0.0054	0.0019	0.0015	0.0736	0.0043	0.1831	22.237	-11.399	-45.425
3	1.0247	0.1944	0.0672	1.7764	-0.1347	1.1381	-0.0207	0.0316	0.0627	0.4595	-0.0058	0.1511	-0.0002	-0.0442	0.0264	0.1743	0.0415	0.0418	0.0515	-0.0075	0.055	-3.53	-1.302	-4.152
4	0.6403	0.0685	-0.1015	0.4615	-0.2014	0.9391	0.0026	-0.0585	-0.048	0.0754	-0.0222	-0.0165	0.0334	-0.0119	0.0196	0.0196	0.0018	-0.0072	0.0347	0.0136	0.1818	-3.9	-27.494	-28.697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 299
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 300

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