PDB-4xkt: E coli BFR variant Y149F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xkt

タイトル

E coli BFR variant Y149F

要素

Bacterioferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / iron storage / diiron site

機能・相同性

機能・相同性情報

: / iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Bradley, J.M. / Hemmings, A.M. / Le Brun, N.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Three Aromatic Residues are Required for Electron Transfer during Iron Mineralization in Bacterioferritin.
著者: Bradley, J.M. / Svistunenko, D.A. / Lawson, T.L. / Hemmings, A.M. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2015年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 2.0	2017年8月30日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xkt.cif.gz	853.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xkt.ent.gz	713.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xkt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xksC 4xkuC 2y3qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3is8-d 3e1o-1 5d8y-d 4toa-d 3is7-d 5zur-1 7k5e-1 3e1n-1 3e1l-1 1bcf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

223 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
447 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	208.470, 208.470, 142.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-399- HOH
2	1	B-441- HOH
3	1	G-381- HOH
4	1	L-442- HOH

#1: タンパク質	Bacterioferritin 分子量: 18502.016 Da / 分子数: 12 / 変異: Y149F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: bfr, BN1008_2995, BN17_32701, BU34_11470, BU65_02845, BU66_00425, BU67_22375, BU68_21080, BU69_14600, CF57_02675, CF61_03435, DO98_13405, DP79_03550, ECHMS174_03989, ECRV308_03369, EH62_ ...遺伝子: bfr, BN1008_2995, BN17_32701, BU34_11470, BU65_02845, BU66_00425, BU67_22375, BU68_21080, BU69_14600, CF57_02675, CF61_03435, DO98_13405, DP79_03550, ECHMS174_03989, ECRV308_03369, EH62_04010, EH63_09485, EH64_04335, EH65_17065, EH66_25435, EL75_0360, EL77_0399, EL78_0411, EL79_0379, EL80_0371, EP08_09090, GR02_14320, GR05_21335, GR06_21735, KV39_17170, LF82_0224, PGD_00550 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QFJ1, UniProt: P0ABD3*PLUS, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.83 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate 0.1M sodium citrate / PH範囲: 4.8-5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→31.745 Å / Num. obs: 277740 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 27.4 % / R_merge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER	(phenix.phaser-MR: 1.8.2_1309)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2y3q

2y3q

解像度: 1.82→31.745 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2057	13895	5.02 %	Random selection
R_work	0.1672	-	-	-
obs	0.1691	276932	99.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→31.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15448	0	65	2769	18282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	16966
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.848	23098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.179	6690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	3107

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.8407	0.271	456	0.1958	8696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8407-1.8623	0.2267	473	0.1862	8712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8623-1.885	0.2506	494	0.1867	8658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.9089	0.2389	460	0.1932	8671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9089-1.934	0.2528	490	0.1821	8693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.934-1.9605	0.2227	437	0.1713	8756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9605-1.9885	0.216	485	0.1618	8656	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9885-2.0182	0.2199	486	0.1661	8651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0182-2.0497	0.2274	475	0.1657	8671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0497-2.0833	0.205	455	0.1622	8719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0833-2.1192	0.2185	502	0.1592	8685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1192-2.1578	0.1954	462	0.1482	8723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1578-2.1993	0.1871	444	0.1456	8766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1993-2.2441	0.2065	481	0.1553	8699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2441-2.2929	0.1951	459	0.1502	8754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2929-2.3462	0.2046	447	0.1519	8793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3462-2.4049	0.1949	480	0.1516	8709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4049-2.4699	0.1958	453	0.1536	8743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4699-2.5425	0.1913	459	0.16	8767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5425-2.6246	0.1875	425	0.1575	8770	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6246-2.7183	0.2161	468	0.1648	8789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7183-2.8271	0.2125	437	0.1661	8806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8271-2.9557	0.1964	429	0.1638	8776	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9557-3.1114	0.1965	505	0.163	8793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1114-3.3061	0.183	436	0.1595	8853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3061-3.5611	0.1834	454	0.1537	8869	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5611-3.9189	0.1925	442	0.1616	8863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9189-4.4846	0.1741	472	0.1547	8914	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4846-5.6449	0.22	472	0.1914	8971	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6449-31.7493	0.2539	457	0.2429	9111	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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