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- PDB-4xk0: Crystal structure of a tetramolecular RNA G-quadruplex in potassium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xk0
タイトルCrystal structure of a tetramolecular RNA G-quadruplex in potassium
要素RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
キーワードRNA / RNA G-quadruplex / tetramolecular G-quadruplex / intermolecular G-quadruplex
機能・相同性: / : / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Chen, M.C. / Murat, P. / Abecassis, K.A. / Ferre-D'Amare, A.R. / Balasubramanian, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Insights into the mechanism of a G-quadruplex-unwinding DEAH-box helicase.
著者: Chen, M.C. / Murat, P. / Abecassis, K. / Ferre-D'Amare, A.R. / Balasubramanian, S.
履歴
登録2015年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32015年8月19日Group: Refinement description
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,66014
ポリマ－3,8962
非ポリマー76412
水1,09961
1
A: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,64156
ポリマ－15,5868
非ポリマー3,05548
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area15930 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area1300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.133, 33.133, 54.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

K

21A-102-

K

31A-103-

K

41A-104-

K

51A-105-

K

61C-101-

K

71C-102-

K

81C-103-

K

91C-104-

K

101A-209-

HOH

111A-219-

HOH

121A-227-

HOH

131C-226-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')


分子量: 1948.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40 mM potassium cacodylic acid (pH 6.0), 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 5 mM spermine hydrochloride, 80 mM potassium chloride, 0.5 mM DHX36 fragment, 20 mM barium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月26日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→50 Å / Num. obs: 25610 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 4.683 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.367 / Net I/av σ(I): 19.705 / Net I/σ(I): 31.8 / Num. measured all: 310744
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.07-1.099.40.1876920.9810.0610.1981.87153.5
1.09-1.1111.30.17613200.9840.0540.1851.72599.9
1.11-1.1312.20.16212860.9860.0490.171.663100
1.13-1.1512.10.15313150.9950.0450.161.578100
1.15-1.1812.20.14812990.9910.0440.1541.514100
1.18-1.2112.30.14613160.9910.0430.1521.552100
1.21-1.2412.20.13413260.990.040.1391.414100
1.24-1.2712.30.12913060.9910.0380.1351.343100
1.27-1.3112.30.12413000.9920.0370.1291.338100
1.31-1.3512.40.11712910.9930.0350.1221.273100
1.35-1.412.40.1113340.9940.0320.1151.182100
1.4-1.4512.40.10613070.9960.0310.111.135100
1.45-1.5212.40.113280.9960.0290.1041.166100
1.52-1.612.50.09613020.9960.0280.11.19100
1.6-1.712.40.09413000.9970.0280.0981.07499.8
1.7-1.8312.50.09713230.9970.0290.1011.24799.8
1.83-2.0112.40.09713180.9950.0290.1011.21599.9
2.01-2.3112.30.09813180.9960.0290.1021.23100
2.31-2.9120.10613280.9940.0320.111.35299.8
2.9-5011.30.12813010.9820.0410.1351.68495.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELX位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.08→21.54 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.144 --
Rwork0.144 --
obs-25285 99.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→21.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 258 12 61 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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