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- PDB-4xjo: Crystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase (BioA) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xjo
タイトルCrystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase (BioA) from Mycobacterium tuberculosis, complexed with an inhibitor optimized from HTS lead
要素Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Inhibitor Complex Transaminase PLP / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-41O / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Finzel, B.C. / Dai, R.
引用
ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Optimization of Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent Transaminase Enzyme (BioA) Inhibitors that Target Biotin Biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Liu, F. / Dawadi, S. / Maize, K.M. / Dai, R. / Park, S.W. / Schnappinger, D. / Finzel, B.C. / Aldrich, C.C.
#1: ジャーナル: THESIS, UNIVERSITY OF MINNESOTA / 年: 2015
タイトル: FRAGMENT BASED INHIBITOR DESIGN OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS BIOA (HTTP://HDL.HANDLE.NET/11299/171084)
著者: Dai, R.
履歴
登録2015年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 2.02020年1月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity.formula_weight / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
B: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4679
ポリマ－97,0732
非ポリマー1,3937
水11,782654
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11470 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.228, 66.025, 203.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / 7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate ...7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate synthase / DANS / Diaminopelargonic acid synthase


分子量: 48536.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioA, Rv1568, MTCY336.35c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WQ81, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase

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非ポリマー , 6種, 661分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-41O / 5-[4-(3-chlorobenzoyl)piperazin-1-yl]-1H-inden-1-one


分子量: 352.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17ClN2O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP Reservoir:10% PEG 8000, 0.1M magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5 Cryo: 15% PEG 400 in reservoir solution, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→101.628 Å / Num. obs: 136219 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 878235
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.5-1.5056.70.31958862132596.6
6.962-101.6286.30.05298711565100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TFT

3tft


解像度: 1.5→101.628 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.195 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2049 6602 4.9 %RANDOM
Rwork0.1861 129513 --
obs0.187 136219 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.08 Å2 / Biso mean: 15.528 Å2 / Biso min: 7.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→101.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6412 0 90 654 7156
Biso mean--14.1 23.73 -
残基数----857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.026858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0891.9639427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3615915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6822.189265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.103151012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2081555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215279
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 489 -
Rwork0.213 8884 -
all-9373 -
obs--98.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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