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- PDB-4xja: Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xja
タイトルCrystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
要素Sialidase B
キーワードHYDROLASE / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / allosteric inhibitor / serendipitous allosteric sites / crystallization artefacts
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
BNR repeat / BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase ...BNR repeat / BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OPX / PHOSPHATE ION / Chem-SFJ / Sialidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Brear, P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
SULSA 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
著者: Rogers, G.W. / Brear, P. / Yang, L. / Chen, A.S. / Mitchell, J.B.O. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J.
履歴
登録2015年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3946
ポリマ－73,5201
非ポリマー8745
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area610 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.586, 82.556, 116.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Sialidase B / Neuraminidase B


分子量: 73519.852 Da / 分子数: 1 / 変異: D643G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: nanB, SP_1687 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54727, exo-alpha-sialidase
#5: 糖 ChemComp-SFJ / (2R,3R,4R,5R,6R)-5-acetamido-2,3-difluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]tetrahydro-2H-pyran-2-carboxylic acid / (2R,3R,4R,5R,6R)-5-(acetylamino)-2,3-difluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]tetrahydro-2H-pyran-2-carboxy lic acid / 2,3-difluoro-sialic acid / 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid / 2,3α-ジフルオロ-N-アセチル-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 329.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17F2NO8

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非ポリマー , 4種, 580分子

#2: 化合物 ChemComp-OPX / (1s,3R,4S)-1-[(cyclohexylamino)methyl]-3,4-dihydroxycyclopentanesulfonic acid


分子量: 293.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23NO5S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→20 Å / Num. obs: 54930 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 19.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 2.584 / Net I/av σ(I): 28.824 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 259611
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-1.974.50.28827491.955100
1.97-2.014.50.25427251.978100
2.01-2.054.60.22927222.039100
2.05-2.094.60.21427162.131100
2.09-2.144.60.19627402.19899.9
2.14-2.184.70.17827352.22899.9
2.18-2.244.70.16127172.296100
2.24-2.34.70.15227592.3899.9
2.3-2.374.70.14327242.40299.9
2.37-2.444.70.13327522.399100
2.44-2.534.70.12727492.51999.9
2.53-2.634.80.11827472.54799.8
2.63-2.754.80.10627662.58699.7
2.75-2.94.80.09427292.74799.5
2.9-3.084.80.08127552.88499.2
3.08-3.314.80.06927693.03699.1
3.31-3.644.90.05727523.07898.4
3.64-4.174.90.05327473.29198
4.17-5.244.90.04927533.2797.1
5.24-204.80.05328243.40494.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.43 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.15 Å
Translation2.5 Å29.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
PHASER2.1.4位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VW0

2vw0


解像度: 1.98→20 Å / FOM work R set: 0.8768 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 2538 4.92 %
Rwork0.1672 49098 -
obs0.1689 51636 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.68 Å2 / Biso mean: 24.84 Å2 / Biso min: 9.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5185 0 54 576 5815
Biso mean--23.44 30.99 -
残基数----658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1227288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.031985
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9804-2.01850.20211260.16192670279698
2.0185-2.05970.21571310.164927182849100
2.0597-2.10440.22281570.165526712828100
2.1044-2.15340.22211380.165327322870100
2.1534-2.20720.22891310.166427372868100
2.2072-2.26680.23071410.163527072848100
2.2668-2.33340.21651580.16927072865100
2.3334-2.40870.23521170.170427662883100
2.4087-2.49470.20561480.164827332881100
2.4947-2.59440.2191440.176427152859100
2.5944-2.71230.20951550.171627082863100
2.7123-2.8550.22061350.180127602895100
2.855-3.03350.20391620.17927212883100
3.0335-3.26710.20011410.16942721286299
3.2671-3.59480.17421420.16032749289199
3.5948-4.11230.18771390.15942746288598
4.1123-5.1710.15441310.14622755288697
5.171-22.74550.20881420.19142782292495

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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