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- PDB-4xin: X-ray Crystal Structure of an LpqH orthologue from Mycobacterium avium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xin
タイトルX-ray Crystal Structure of an LpqH orthologue from Mycobacterium avium
要素LpqH orthologue
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SSGCID / LpqH / Mycobacterium avium / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性19kDa lipoprotein antigen / Mycobacterium 19 kDa lipoprotein antigen / membrane / LpqH orthologue / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium avium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of an LpqH orthologue from Mycobacterium avium
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LpqH orthologue
B: LpqH orthologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1453
ポリマ－27,1222
非ポリマー231
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.030, 37.630, 41.960
Angle α, β, γ (deg.)110.120, 95.970, 97.080
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 LpqH orthologue


分子量: 13561.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium (strain 104) (バクテリア)
株: 104 / 遺伝子: MAV_0969 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QBE0, UniProt: A0A0J9X263*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG+ well H9 - 0.2 M Lithium sulfate, 25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.50; MyavA.18632.a.B2 PS02022 at 25.7mg/ml
PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D10.97624
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.54
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-2251CCD2014年8月21日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2014年8月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976241
21.541
Reflection数: 75991 / Rmerge(I) obs: 0.019 / Χ2: 1.79 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 20228 / % possible obs: 95.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
6.649.3938810.02
5.426.6453310.017
4.75.4263810.017
4.24.772010.019
3.834.281910.018
3.553.8388810.018
3.323.5595210.018
3.133.32101010.019
2.973.13106110.018
2.832.97112210.018
2.712.83114110.019
2.62.71124310.019
2.512.6118010.02
2.422.51135310.021
2.352.42133110.021
2.282.35135110.021
2.212.28140610.022
2.152.21146810.022
2.12.15140910.023
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 27430 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 14.72 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 17.22 / Num. measured all: 79785
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.540.9560.2015.695811213020000.24793.9
1.54-1.580.9720.1616.955928212020000.19694.3
1.58-1.630.9750.1467.735663200919060.17994.9
1.63-1.680.9830.1258.735574198318810.15394.9
1.68-1.730.9870.10910.275242189317820.13394.1
1.73-1.790.9890.08812.195150186517610.10894.4
1.79-1.860.9920.07513.594916177116720.09394.4
1.86-1.940.9940.06216.344662169816010.07794.3
1.94-2.020.9970.04719.714513166915620.05793.6
2.02-2.120.9960.04321.924201155414570.05493.8
2.12-2.240.9970.03923.194094148914260.04895.8
2.24-2.370.9970.03724.473882141713500.04695.3
2.37-2.540.9970.03724.833676133712740.04595.3
2.54-2.740.9970.03426.253404123211810.04295.9
2.74-30.9970.03228.163181113911000.0496.6
3-3.350.9980.03129.562885103210030.03897.2
3.35-3.870.9980.0330.4325269118850.03697.1
3.87-4.740.9980.02730.4621087727500.03397.2
4.74-6.710.9980.02830.5516035915640.03495.4

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→31.391 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1946 1362 4.97 %RANDOM
Rwork0.1601 26064 --
obs0.1617 27426 94.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.42 Å2 / Biso mean: 23.3018 Å2 / Biso min: 8.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→31.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 1 185 1815
Biso mean--21.66 30.13 -
残基数----228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2462360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.11635
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5001-1.55370.24231350.19072575271094
1.5537-1.61590.2161250.18692629275495
1.6159-1.68950.2061250.18072611273695
1.6895-1.77850.20441430.16982597274095
1.7785-1.890.22321410.17972572271395
1.89-2.03590.18951590.15422526268593
2.0359-2.24070.2021530.15292612276595
2.2407-2.56480.2061200.16492617273796
2.5648-3.23080.191260.16532694282097
3.2308-31.39830.17281350.1442631276696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.30650.17122.44936.9406-2.04949.2830.4955-0.7567-0.54280.22540.3698-0.22790.36910.0774-0.79480.1924-0.0678-0.02160.4297-0.02040.3538-3.6833-2.899238.2445
26.68332.1916-0.99142.274-0.41561.72860.2108-1.2607-0.01810.2497-0.3564-0.13530.21970.09330.1550.2003-0.0413-0.01410.27540.01220.1428.80943.377240.3876
36.32860.24242.51246.22070.98748.67590.14760.40030.1199-0.05370.22041.275-0.4786-0.2337-0.21420.15260.02090.01380.24080.05290.5011-4.72935.796631.562
43.95421.3562.34264.50871.21932.31740.05550.56580.2335-0.3839-0.29570.8625-0.012-0.7520.10940.16380.0421-0.07120.3018-0.00080.3342-1.32356.315526.4024
53.84840.59090.33616.81395.52045.6518-0.1143-0.11970.3713-0.4101-0.21280.6974-0.8435-0.30220.39220.18430.0166-0.03420.13530.01840.23743.250210.247330.8376
63.17131.23650.22924.05961.28653.8234-0.0730.3519-0.1382-0.2349-0.08690.32670.1918-0.22790.11510.13790.0085-0.00830.1266-0.00680.16338.37466.921726.5463
76.77885.9485-2.16486.9387-2.43132.1497-0.1630.3108-0.2841-0.32390.08530.0150.1238-0.08930.07040.15280.0243-0.01660.1545-0.01810.17339.54530.15624.3604
82.62682.9778-0.0366.26421.02961.21120.1419-0.1412-0.15750.2366-0.1359-0.13240.0229-0.0584-0.05180.10980.0234-0.03740.11180.03830.122213.72347.445233.2668
92.05611.5295-0.61794.2698-0.42330.64020.0359-0.0403-0.34010.0909-0.0694-0.2418-0.0037-0.05770.02180.10050.0223-0.02130.08610.02140.080412.89196.536233.6644
104.3241-1.5551-2.33810.9250.81821.15740.12790.66240.4013-0.77580.2035-0.1172-0.7447-0.4555-0.19920.3195-0.07880.0280.19710.02560.10718.357530.505816.4547
114.9493-3.6192-6.41075.02824.27518.38430.1044-0.22950.5598-0.29460.2776-0.3741-0.46010.3704-0.40280.153-0.0293-0.02320.1364-0.00770.179318.74832.839625.5301
123.74033.00074.02812.90954.20226.1008-0.17980.7132-0.6352-0.65250.4508-0.71980.07050.2344-0.23190.3005-0.01140.05580.2437-0.04780.254720.131419.171413.9508
135.14120.33521.60954.11051.76923.09480.06730.5042-0.6879-0.7216-0.049-0.20810.3894-0.31330.05970.3041-0.0653-0.01450.2382-0.00870.131214.967517.072215.6835
143.16950.21650.56082.64640.42263.3711-0.07760.5278-0.1636-0.47330.08330.20730.0385-0.2435-0.03670.1566-0.0149-0.05420.16470.02040.111211.28319.152320.1701
156.27651.43491.29183.55050.82522.6696-0.06440.07810.1368-0.14990.00240.46120.0143-0.33420.05580.12770.0155-0.03290.13050.03830.1458.677521.58328.5053
166.26731.9433-6.1011.5091-1.57695.99320.39130.6437-0.5755-0.5641-0.3360.5080.2839-0.7779-0.14710.39970.0605-0.09240.413-0.00970.18626.859526.992112.2106
171.7422-0.0495-0.59162.7895-0.90143.94150.04440.02020.030.0533-0.0160.0594-0.2177-0.0755-0.01990.0905-0.0023-0.0170.07650.0040.093111.451326.855928.1158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 17 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 30 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 38 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 39 through 47 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 48 through 58 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 59 through 82 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 83 through 96 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 97 through 111 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 112 through 126 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 13 through 23 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 24 through 30 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 31 through 38 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 39 through 48 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 49 through 72 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 73 through 88 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 89 through 96 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 97 through 126 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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