PDB-4xin: X-ray Crystal Structure of an LpqH orthologue from Mycobacterium avium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xin

タイトル

X-ray Crystal Structure of an LpqH orthologue from Mycobacterium avium

要素

LpqH orthologue

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / LpqH / Mycobacterium avium / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

19kDa lipoprotein antigen / Mycobacterium 19 kDa lipoprotein antigen / membrane / LpqH orthologue / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of an LpqH orthologue from Mycobacterium avium
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4xin.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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XML形式データ	4xin_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xin	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2gkv-1 1ebb-d 1c81-d 4rqb-1 2nu0-d 1sge-d 2sgf-d 5o9j-2 4nt1-1 5wyo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyavA.18632.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LpqH orthologue

B: LpqH orthologue

ヘテロ分子

27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.030, 37.630, 41.960
Angle α, β, γ (deg.)	110.120, 95.970, 97.080
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	LpqH orthologue 分子量: 13561.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (strain 104) (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_0969 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QBE0, UniProt: A0A0J9X263*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: JCSG+ well H9 - 0.2 M Lithium sulfate, 25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.50; MyavA.18632.a.B2 PS02022 at 25.7mg/ml PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-D		1	0.97624
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.54

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-225	1	CCD	2014年8月21日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2014年8月27日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Diamond [111]	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97624	1
2	1.54	1

Reflection

数: 75991 / R_merge(I) obs: 0.019 / Χ²: 1.79 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 20228 / % possible obs: 95.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
6.64	9.39	388	1	0.02
5.42	6.64	533	1	0.017
4.7	5.42	638	1	0.017
4.2	4.7	720	1	0.019
3.83	4.2	819	1	0.018
3.55	3.83	888	1	0.018
3.32	3.55	952	1	0.018
3.13	3.32	1010	1	0.019
2.97	3.13	1061	1	0.018
2.83	2.97	1122	1	0.018
2.71	2.83	1141	1	0.019
2.6	2.71	1243	1	0.019
2.51	2.6	1180	1	0.02
2.42	2.51	1353	1	0.021
2.35	2.42	1331	1	0.021
2.28	2.35	1351	1	0.021
2.21	2.28	1406	1	0.022
2.15	2.21	1468	1	0.022
2.1	2.15	1409	1	0.023

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 27430 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.72 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.046 / Χ²: 0.992 / Net I/σ(I): 17.22 / Num. measured all: 79785

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54	0.956	0.201	5.69	5811	2130	2000	0.247	93.9
1.54-1.58	0.972	0.161	6.95	5928	2120	2000	0.196	94.3
1.58-1.63	0.975	0.146	7.73	5663	2009	1906	0.179	94.9
1.63-1.68	0.983	0.125	8.73	5574	1983	1881	0.153	94.9
1.68-1.73	0.987	0.109	10.27	5242	1893	1782	0.133	94.1
1.73-1.79	0.989	0.088	12.19	5150	1865	1761	0.108	94.4
1.79-1.86	0.992	0.075	13.59	4916	1771	1672	0.093	94.4
1.86-1.94	0.994	0.062	16.34	4662	1698	1601	0.077	94.3
1.94-2.02	0.997	0.047	19.71	4513	1669	1562	0.057	93.6
2.02-2.12	0.996	0.043	21.92	4201	1554	1457	0.054	93.8
2.12-2.24	0.997	0.039	23.19	4094	1489	1426	0.048	95.8
2.24-2.37	0.997	0.037	24.47	3882	1417	1350	0.046	95.3
2.37-2.54	0.997	0.037	24.83	3676	1337	1274	0.045	95.3
2.54-2.74	0.997	0.034	26.25	3404	1232	1181	0.042	95.9
2.74-3	0.997	0.032	28.16	3181	1139	1100	0.04	96.6
3-3.35	0.998	0.031	29.56	2885	1032	1003	0.038	97.2
3.35-3.87	0.998	0.03	30.43	2526	911	885	0.036	97.1
3.87-4.74	0.998	0.027	30.46	2108	772	750	0.033	97.2
4.74-6.71	0.998	0.028	30.55	1603	591	564	0.034	95.4

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→31.391 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1946	1362	4.97 %	RANDOM
R_work	0.1601	26064	-	-
obs	0.1617	27426	94.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.42 Å² / B_iso mean: 23.3018 Å² / B_iso min: 8.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→31.391 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	1	185	1815
B_iso mean	-	-	21.66	30.13	-
残基数	-	-	-	-	228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1726
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.246	2360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.11	635

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5001-1.5537	0.2423	135	0.1907	2575	2710	94
1.5537-1.6159	0.216	125	0.1869	2629	2754	95
1.6159-1.6895	0.206	125	0.1807	2611	2736	95
1.6895-1.7785	0.2044	143	0.1698	2597	2740	95
1.7785-1.89	0.2232	141	0.1797	2572	2713	95
1.89-2.0359	0.1895	159	0.1542	2526	2685	93
2.0359-2.2407	0.202	153	0.1529	2612	2765	95
2.2407-2.5648	0.206	120	0.1649	2617	2737	96
2.5648-3.2308	0.19	126	0.1653	2694	2820	97
3.2308-31.3983	0.1728	135	0.144	2631	2766	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3065	0.1712	2.4493	6.9406	-2.0494	9.283	0.4955	-0.7567	-0.5428	0.2254	0.3698	-0.2279	0.3691	0.0774	-0.7948	0.1924	-0.0678	-0.0216	0.4297	-0.0204	0.3538	-3.6833	-2.8992	38.2445
2	6.6833	2.1916	-0.9914	2.274	-0.4156	1.7286	0.2108	-1.2607	-0.0181	0.2497	-0.3564	-0.1353	0.2197	0.0933	0.155	0.2003	-0.0413	-0.0141	0.2754	0.0122	0.142	8.8094	3.3772	40.3876
3	6.3286	0.2424	2.5124	6.2207	0.9874	8.6759	0.1476	0.4003	0.1199	-0.0537	0.2204	1.275	-0.4786	-0.2337	-0.2142	0.1526	0.0209	0.0138	0.2408	0.0529	0.5011	-4.7293	5.7966	31.562
4	3.9542	1.356	2.3426	4.5087	1.2193	2.3174	0.0555	0.5658	0.2335	-0.3839	-0.2957	0.8625	-0.012	-0.752	0.1094	0.1638	0.0421	-0.0712	0.3018	-0.0008	0.3342	-1.3235	6.3155	26.4024
5	3.8484	0.5909	0.3361	6.8139	5.5204	5.6518	-0.1143	-0.1197	0.3713	-0.4101	-0.2128	0.6974	-0.8435	-0.3022	0.3922	0.1843	0.0166	-0.0342	0.1353	0.0184	0.2374	3.2502	10.2473	30.8376
6	3.1713	1.2365	0.2292	4.0596	1.2865	3.8234	-0.073	0.3519	-0.1382	-0.2349	-0.0869	0.3267	0.1918	-0.2279	0.1151	0.1379	0.0085	-0.0083	0.1266	-0.0068	0.1633	8.3746	6.9217	26.5463
7	6.7788	5.9485	-2.1648	6.9387	-2.4313	2.1497	-0.163	0.3108	-0.2841	-0.3239	0.0853	0.015	0.1238	-0.0893	0.0704	0.1528	0.0243	-0.0166	0.1545	-0.0181	0.1733	9.5453	0.156	24.3604
8	2.6268	2.9778	-0.036	6.2642	1.0296	1.2112	0.1419	-0.1412	-0.1575	0.2366	-0.1359	-0.1324	0.0229	-0.0584	-0.0518	0.1098	0.0234	-0.0374	0.1118	0.0383	0.1222	13.7234	7.4452	33.2668
9	2.0561	1.5295	-0.6179	4.2698	-0.4233	0.6402	0.0359	-0.0403	-0.3401	0.0909	-0.0694	-0.2418	-0.0037	-0.0577	0.0218	0.1005	0.0223	-0.0213	0.0861	0.0214	0.0804	12.8919	6.5362	33.6644
10	4.3241	-1.5551	-2.3381	0.925	0.8182	1.1574	0.1279	0.6624	0.4013	-0.7758	0.2035	-0.1172	-0.7447	-0.4555	-0.1992	0.3195	-0.0788	0.028	0.1971	0.0256	0.107	18.3575	30.5058	16.4547
11	4.9493	-3.6192	-6.4107	5.0282	4.2751	8.3843	0.1044	-0.2295	0.5598	-0.2946	0.2776	-0.3741	-0.4601	0.3704	-0.4028	0.153	-0.0293	-0.0232	0.1364	-0.0077	0.1793	18.748	32.8396	25.5301
12	3.7403	3.0007	4.0281	2.9095	4.2022	6.1008	-0.1798	0.7132	-0.6352	-0.6525	0.4508	-0.7198	0.0705	0.2344	-0.2319	0.3005	-0.0114	0.0558	0.2437	-0.0478	0.2547	20.1314	19.1714	13.9508
13	5.1412	0.3352	1.6095	4.1105	1.7692	3.0948	0.0673	0.5042	-0.6879	-0.7216	-0.049	-0.2081	0.3894	-0.3133	0.0597	0.3041	-0.0653	-0.0145	0.2382	-0.0087	0.1312	14.9675	17.0722	15.6835
14	3.1695	0.2165	0.5608	2.6464	0.4226	3.3711	-0.0776	0.5278	-0.1636	-0.4733	0.0833	0.2073	0.0385	-0.2435	-0.0367	0.1566	-0.0149	-0.0542	0.1647	0.0204	0.1112	11.283	19.1523	20.1701
15	6.2765	1.4349	1.2918	3.5505	0.8252	2.6696	-0.0644	0.0781	0.1368	-0.1499	0.0024	0.4612	0.0143	-0.3342	0.0558	0.1277	0.0155	-0.0329	0.1305	0.0383	0.145	8.6775	21.583	28.5053
16	6.2673	1.9433	-6.101	1.5091	-1.5769	5.9932	0.3913	0.6437	-0.5755	-0.5641	-0.336	0.508	0.2839	-0.7779	-0.1471	0.3997	0.0605	-0.0924	0.413	-0.0097	0.1862	6.8595	26.9921	12.2106
17	1.7422	-0.0495	-0.5916	2.7895	-0.9014	3.9415	0.0444	0.0202	0.03	0.0533	-0.016	0.0594	-0.2177	-0.0755	-0.0199	0.0905	-0.0023	-0.017	0.0765	0.004	0.0931	11.4513	26.8559	28.1158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 17 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 30 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 38 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 39 through 47 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 48 through 58 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 59 through 82 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 83 through 96 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 97 through 111 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 112 through 126 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 23 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 24 through 30 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 31 through 38 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 39 through 48 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 49 through 72 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 73 through 88 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 89 through 96 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 97 through 126 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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