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万見
- PDB-4xhr: Structure of a phospholipid trafficking complex, native -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xhr
タイトルStructure of a phospholipid trafficking complex, native
要素
  • Mitochondrial distribution and morphology protein 35
  • Protein UPS1, mitochondrial
キーワードLIPID TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE / phospholipid / LIPID TRANSPORT-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space ...TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PRELI/MSF1 domain / Slowmo/Ups family / PRELI-like family / PRELI/MSF1 domain profile. / Mitochondrial distribution/morphology family 35/apoptosis / Uncharacterised protein family (UPF0203) / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial distribution and morphology protein 35 / Protein UPS1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Yu, F. / He, F. / Wang, C. / Zhang, P.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of intramitochondrial phosphatidic acid transport mediated by Ups1-Mdm35 complex
著者: Yu, F. / He, F. / Yao, H. / Wang, C. / Wang, J. / Li, J. / Qi, X. / Xue, H. / Ding, J. / Zhang, P.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein UPS1, mitochondrial
N: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
B: Protein UPS1, mitochondrial
M: Mitochondrial distribution and morphology protein 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9594
ポリマ－62,9594
非ポリマー00
水68538
1
A: Protein UPS1, mitochondrial
N: Mitochondrial distribution and morphology protein 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4802
ポリマ－31,4802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
2
B: Protein UPS1, mitochondrial
M: Mitochondrial distribution and morphology protein 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4802
ポリマ－31,4802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.968, 74.868, 87.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein UPS1, mitochondrial / Unprocessed MGM1 protein 1


分子量: 21755.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UPS1, YLR193C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05776
#2: タンパク質 Mitochondrial distribution and morphology protein 35


分子量: 9723.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDM35, YKL053C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60200
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2%(v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→32.08 Å / Num. obs: 17640 / % possible obs: 97.17 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 11.96
反射 シェル解像度: 2.55→3 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 11.96 / % possible all: 97.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→32.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 25.837 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.232 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27736 886 5.1 %RANDOM
Rwork0.2363 ---
obs0.23837 16623 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.72 Å20 Å22.49 Å2
2--6.37 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→32.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3869 0 0 38 3907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.150.023961
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.9435350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5083.0028601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9995476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93623.864176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.48615708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6791522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.619 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 52 -
Rwork0.314 1250 -
obs--97.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24480.3320.24340.55320.35691.89540.028-0.19970.0061-0.0433-0.01690.046-0.07640.089-0.01110.1489-0.0032-0.07430.0526-0.03440.126560.4324-10.7839.2214
21.65050.1899-0.55970.93040.51822.50060.00580.323-0.336-0.07830.08430.0344-0.04040.0466-0.09010.2133-0.0026-0.07840.08-0.06870.143760.1617-14.079220.7976
31.85360.02440.04730.53270.56111.8234-0.0187-0.0128-0.02670.0155-0.0173-0.0166-0.08560.06770.0360.13350.0177-0.09590.0161-0.00050.11260.6055-42.979716.6653
44.57080.78870.08441.5161-0.2782.1093-0.04130.59350.12070.01630.08330.1612-0.18740.1155-0.0420.19330.0396-0.06580.2393-0.03060.047760.4373-40.9843-1.8287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2N6 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4M5 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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