PDB-4xhi: Crystal structure of native Thosea asigna virus RNA-dependent RNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xhi

タイトル

Crystal structure of native Thosea asigna virus RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) at 2.15 Angstrom resolution

要素

RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

TRANSCRIPTION / Polymerase / virus / RdRP

機能・相同性

RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / ATP binding / metal ion binding / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性情報

生物種

Thosea asigna virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Ferrero, D.S. / Buxaderas, M. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: The Structure of the RNA-Dependent RNA Polymerase of a Permutotetravirus Suggests a Link between Primer-Dependent and Primer-Independent Polymerases.
著者: Ferrero, D.S. / Buxaderas, M. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.

履歴

登録	2015年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xhi.cif.gz	538.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xhi.ent.gz	441.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xhi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xhi_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xhi_full_validation.pdf.gz	481 KB	表示
XML形式データ	4xhi_validation.xml.gz	52.8 KB	表示
CIF形式データ	4xhi_validation.cif.gz	76 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xhaSC 5cx6C 5cyrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cx6-d 5cyr-d 2z6x-d 6zgy-d 3mau-d 5liq-d 4xha-d 6zgx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

B: RNA-dependent RNA polymerase

ヘテロ分子

161 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.875, 150.825, 100.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 79540.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thosea asigna virus (ウイルス) / 遺伝子: RdRp / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6A562
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 8K, 750 mM lithium(III) sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→39 Å / Num. obs: 109020 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.12 / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XHA

4xha

解像度: 2.15→39.606 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.4 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	4979	5 %
R_work	0.1753	-	-
obs	0.1773	99552	88.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10504	0	131	723	11358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10876
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	14723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.884	4044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	1595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1499-2.1743	0.2312	205	0.1964	3297	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1743-2.1999	0.2669	166	0.2032	3321	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1999-2.2267	0.2761	176	0.1997	3351	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2267-2.2549	0.2678	36	0.1983	1031	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2549-2.2846	0.2146	127	0.1978	2185	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2846-2.3159	0.2454	177	0.1988	3270	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3159-2.349	0.254	177	0.1912	3336	X-RAY DIFFRACTION	94
2.349-2.384	0.2387	164	0.1876	3327	X-RAY DIFFRACTION	94
2.384-2.4213	0.2266	176	0.191	3302	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4213-2.461	0.2477	180	0.1919	3320	X-RAY DIFFRACTION	94
2.461-2.5034	0.2334	176	0.1917	3324	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5034-2.5489	0.2318	187	0.2002	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5489-2.5979	0.2786	178	0.1985	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5979-2.6509	0.2339	191	0.1986	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6509-2.7086	0.2734	62	0.2102	1129	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7086-2.7716	0.2493	180	0.2072	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7716-2.8408	0.2599	180	0.2038	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8408-2.9176	0.2355	169	0.1995	3561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9176-3.0035	0.2443	207	0.1991	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0035-3.1004	0.2559	177	0.1968	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1004-3.2111	0.263	181	0.1954	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2111-3.3396	0.2434	203	0.1873	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3396-3.4915	0.1987	123	0.1668	2443	X-RAY DIFFRACTION	68
3.4915-3.6755	0.215	152	0.1551	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6755-3.9056	0.191	107	0.1486	2349	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9056-4.2068	0.1536	154	0.136	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2068-4.6296	0.1586	196	0.1257	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6296-5.2982	0.1584	174	0.1351	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2982-6.67	0.1738	207	0.1699	3616	X-RAY DIFFRACTION	99
6.67-39.6128	0.174	191	0.1621	3751	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2677	-0.0555	-0.0965	0.2382	0.0282	0.5668	0.0194	-0.0093	-0.0092	0.032	-0.0042	0.0039	-0.0111	-0.0432	-0.0124	0.0703	-0.0099	-0.0031	0.0977	0.0132	0.1051	13.2186	-29.5209	0.8141
2	0.1934	-0.0337	-0.1218	0.142	0.0801	0.8626	0.0002	0.0052	-0.0018	0.0332	0.0132	-0.0101	0.1263	0.0291	-0.0121	0.1257	0.0078	-0.0126	0.0939	-0.0101	0.1372	36.9713	-58.2658	46.3982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq -10:9999)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq -10:9999)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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