PDB-4xhe: Crystal Structure of A-AChBP in complex with pinnatoxin A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xhe

タイトル

Crystal Structure of A-AChBP in complex with pinnatoxin A

要素

Soluble acetylcholine receptor

キーワード

ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / receptor / phycotoxin / pinnatoxin / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bourne, Y. / Sulzenbacher, G. / Marchot, P.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Marine Macrocyclic Imines, Pinnatoxins A and G: Structural Determinants and Functional Properties to Distinguish Neuronal alpha 7 from Muscle alpha 12 beta gamma delta nAChRs.
著者: Bourne, Y. / Sulzenbacher, G. / Radic, Z. / Araoz, R. / Reynaud, M. / Benoit, E. / Zakarian, A. / Servent, D. / Molgo, J. / Taylor, P. / Marchot, P.

履歴

登録	2015年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xhe.cif.gz	484.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xhe.ent.gz	398.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xk9C 2bynS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pmz-1 5tsf-d 3t4m-2 5brx-2 2wzy-2 4frr-2 2ph9-d 2wnl-1 2wzy-1 2byn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

255 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.734, 144.231, 147.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Soluble acetylcholine receptor 分子量: 24727.484 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 18-225 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-40P / Pinnatoxin A / ピンナトキシンA 分子量: 711.924 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₆₁NO₉
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% (w/v) P400, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M CaCl2, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→73 Å / Num. obs: 211460 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BYN

2byn

解像度: 1.9→64.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.642 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	6419	3 %	RANDOM
R_work	0.1734	204994	-	-
obs	0.1747	204994	97.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.99 Å² / B_iso mean: 28.416 Å² / B_iso min: 9.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.58 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→64.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16880	0	515	1841	19236
B_iso mean	-	-	19.89	30.17	-
残基数	-	-	-	-	2115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	18354
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.99	25263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3.001	30282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.406	5	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.709	24.286	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.129	15	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.916	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	20093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.435	3	10822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.432	3	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.283	4	17770
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.678	3	7532
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.487	4	7422

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	482	-
R_work	0.248	14752	-
all	-	15234	-
obs	-	-	96.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2442	-0.0267	0.1097	0.7063	0.188	0.6699	0.0104	-0.0428	-0.0205	0.0756	-0.0476	0.06	0.0546	-0.1036	0.0372	0.0114	-0.0178	0.0059	0.0588	0.0078	0.0555	-2.975	-22.109	48.577
2	0.4831	0.1229	0.274	0.3912	-0.088	0.8319	0.0124	-0.0491	-0.0125	-0.0115	0.0006	0.0199	0.1867	-0.0546	-0.013	0.0519	-0.0095	0.0004	0.008	0.0034	0.057	-5.463	-37.603	26.957
3	0.2251	-0.1088	0.1685	0.5748	-0.1099	0.6126	0.0413	0.0211	-0.0285	-0.059	-0.0574	0.0198	0.0069	0.002	0.0161	0.026	0.0163	0.0051	0.0298	-0.0161	0.0373	-6.808	-21.768	5.409
4	0.3586	-0.0873	0.1977	0.3536	0.2203	1.004	-0.0407	0.013	0.0263	-0.0506	-0.0495	-0.0038	-0.2127	-0.0581	0.0902	0.0737	0.0143	-0.0137	0.0089	0.0022	0.0381	-6.319	3.799	13.568
5	0.2458	-0.0337	0.0305	0.48	-0.2349	0.7688	-0.0362	-0.0603	0.0065	0.0391	0.0246	0.0237	-0.1537	-0.0767	0.0116	0.0454	0.0145	-0.0155	0.0434	-0.0186	0.0511	-4.359	4.003	40.461
6	0.1823	0.1929	-0.0322	0.4732	0.1138	0.9632	0.0192	-0.0371	0.0017	0.0761	-0.0426	0.0046	0.0672	-0.0163	0.0234	0.0191	0.0036	0	0.0343	0.0068	0.0407	-68.009	-6.015	48.744
7	0.4212	0.1087	0.1503	0.5004	-0.144	1.1133	0.0078	-0.0244	-0.0105	-0.0318	0.0036	0.0271	0.2346	-0.0639	-0.0114	0.0691	-0.0021	0.0061	0.0109	-0.0002	0.053	-70.471	-21.545	27.189
8	0.5078	0.0855	-0.0632	0.8328	-0.2497	0.6922	0.0253	0.0606	0.0091	-0.0906	-0.0163	0.0743	0.0967	-0.0389	-0.009	0.0334	0.0185	-0.0003	0.044	-0.0093	0.032	-71.587	-5.901	5.207
9	0.4709	0.0399	0.1026	0.2843	0.1307	1.1415	0.0122	0.0389	0.0437	-0.0351	-0.03	-0.0096	-0.159	-0.064	0.0178	0.029	0.0163	0.0126	0.0128	0.0126	0.0398	-69.48	19.318	13.155
10	0.2186	0.0064	-0.1576	0.3901	-0.2188	1.0125	-0.0072	0.0031	-0.0046	0.076	0.0116	-0.0228	-0.1464	-0.0255	-0.0044	0.0316	0.0043	-0.0036	0.0137	-0.0188	0.0385	-67.967	19.525	40.397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-7 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-8 - 208
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-2 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-2 - 208
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-4 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-2 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-3 - 208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	0 - 207
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-2 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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