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万見
- PDB-4xhd: STRUCTURE OF HUMAN PREGNANE X RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xhd
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN PREGNANE X RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN WITH COMPOUND-1
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
キーワードTRANSCRIPTION / pregnane X receptor / PXR / ligand binding domain / steroid receptor coactivator-1 / CCR1 / Chemokine Receptor-1 / Adnectin NR / nuclear receptor / AF / activation function / CYP / cytochrome P450 / MDR1 / multi-drug resistance gene-1.
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / intracellular receptor signaling pathway / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding ...cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / intracellular receptor signaling pathway / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-40U / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Khan, J.A. / Camac, D.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Developing Adnectins That Target SRC Co-Activator Binding to PXR: A Structural Approach toward Understanding Promiscuity of PXR.
著者: Khan, J.A. / Camac, D.M. / Low, S. / Tebben, A.J. / Wensel, D.L. / Wright, M.C. / Su, J. / Jenny, V. / Gupta, R.D. / Ruzanov, M. / Russo, K.A. / Bell, A. / An, Y. / Bryson, J.W. / Gao, M. / ...著者: Khan, J.A. / Camac, D.M. / Low, S. / Tebben, A.J. / Wensel, D.L. / Wright, M.C. / Su, J. / Jenny, V. / Gupta, R.D. / Ruzanov, M. / Russo, K.A. / Bell, A. / An, Y. / Bryson, J.W. / Gao, M. / Gambhire, P. / Baldwin, E.T. / Gardner, D. / Cavallaro, C.L. / Duncia, J.V. / Hynes, J.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: The discovery of BMS-457, a potent and selective CCR1 antagonist.
著者: Gardner, D.S. / Santella, J.B. / Duncia, J.V. / Carter, P.H. / Dhar, T.G. / Wu, H. / Guo, W. / Cavallaro, C. / Van Kirk, K. / Yarde, M. / Briceno, S.W. / Grafstrom, R.R. / Liu, R. / Patel, S. ...著者: Gardner, D.S. / Santella, J.B. / Duncia, J.V. / Carter, P.H. / Dhar, T.G. / Wu, H. / Guo, W. / Cavallaro, C. / Van Kirk, K. / Yarde, M. / Briceno, S.W. / Grafstrom, R.R. / Liu, R. / Patel, S.R. / Tebben, A.J. / Camac, D. / Khan, J. / Watson, A. / Yang, G. / Rose, A. / Foster, W.R. / Cvijic, M.E. / Davies, P. / Hynes, J.
履歴
登録2015年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7373
ポリマ－36,2241
非ポリマー5132
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子

A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4746
ポリマ－72,4482
非ポリマー1,0264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area2480 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.476, 91.476, 85.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細chains A

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR


分子量: 36223.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / プラスミド: pCO7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75469
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-40U / N-{(2R)-1-[(4S)-4-(4-chlorophenyl)-4-hydroxy-3,3-dimethylpiperidin-1-yl]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl}-2-cyclopropylacetamide


分子量: 420.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H33ClN2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M imidazole pH 7.8, 8-10%(V/V)isopropanol. Apo crystal was soaked with 5 mM compound 1 and Crystals harvested next day using 32% ethylene glycol as cryoprotectant
PH範囲: 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 14661 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 49.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9181 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.321 / SU Rfree Blow DPI: 0.231 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2416 737 5.03 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1997 14643 99.34 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.98 Å2 / Biso mean: 45.08 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3611 Å20 Å20 Å2
2---1.3611 Å20 Å2
3---2.7222 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.291 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2177 0 35 68 2280
Biso mean--45.71 44.73 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d818SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes329HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2265HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion283SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2674SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2265HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3056HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.8
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.59 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 169 5.74 %
Rwork0.219 2775 -
all0.2208 2944 -
obs--99.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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