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- PDB-4xh3: Mechanistic insights into anchorage of the contractile ring from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xh3
タイトルMechanistic insights into anchorage of the contractile ring from yeast to humans
要素Actin-binding protein anillin
キーワードCELL CYCLE / C2
機能・相同性
機能・相同性情報


septin ring organization / positive regulation of bleb assembly / actomyosin contractile ring assembly / podocyte cell migration / septin ring assembly / actomyosin contractile ring / bleb / regulation of exit from mitosis / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle ...septin ring organization / positive regulation of bleb assembly / actomyosin contractile ring assembly / podocyte cell migration / septin ring assembly / actomyosin contractile ring / bleb / regulation of exit from mitosis / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / mitotic cytokinesis / RHOA GTPase cycle / hematopoietic progenitor cell differentiation / actin cytoskeleton / actin binding / midbody / cell cortex / cadherin binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anillin homology domain / Anillin, N-terminal domain / Anillin, PH domain / : / Cell division protein anillin / Anillin N-terminus / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sun, L.F. / Guan, R.F. / Chen, Z.C.
資金援助 中国, 米国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31270762 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086546 米国
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2015
タイトル: Mechanistic insights into the anchorage of the contractile ring by anillin and mid1
著者: Sun, L. / Guan, R. / Lee, I.J. / Liu, Y. / Chen, M. / Wang, J. / Wu, J.Q. / Chen, Z.
履歴
登録2015年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-binding protein anillin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7651
ポリマ－46,7651
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.148, 126.116, 54.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Actin-binding protein anillin


分子量: 46765.293 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 675-1087 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANLN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQW6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% (w/v) glycerol, 18% PEG 1500, 100 mM Hepes, 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37 Å / Num. obs: 17691 / % possible obs: 96.11 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 14.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.1→36.669 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 884 5 %
Rwork0.218 --
obs0.2194 17691 96.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.894 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-34.15 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.1228 Å2-0 Å2
3----30.0272 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1654 0 0 63 1717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.932269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.896626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.23160.40681290.36532463X-RAY DIFFRACTION87
2.2316-2.40390.40911460.34252762X-RAY DIFFRACTION96
2.4039-2.64570.33031510.27922868X-RAY DIFFRACTION99
2.6457-3.02840.30511510.23912881X-RAY DIFFRACTION99
3.0284-3.81490.22741530.1972908X-RAY DIFFRACTION99
3.8149-36.67480.18291540.17842925X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2595-3.9767-3.42792.85032.52572.0743-0.46010.482-0.2472-0.48250.46890.10390.64730.30860.02810.71590.0550.01040.7855-0.06550.610342.973718.410550.573
21.2210.758-0.62874.0337-4.06537.36370.0564-0.25090.03420.3826-0.2201-0.0771-0.99070.67490.1660.4036-0.06820.00670.472-0.00760.476536.727735.539536.5537
32.1543-2.7978-2.23882.06993.30972.2210.28840.40590.3522-0.3701-0.2623-0.0658-1.06290.46350.0440.9426-0.07720.06940.45620.08070.738737.64946.114914.5883
41.66970.8007-1.95541.618-1.73565.8695-0.09220.03440.0366-0.27640.0704-0.06590.5047-0.1341-0.00180.3971-0.0696-0.01510.44750.0030.433733.740231.144928.8332
51.6820.88130.33877.6498-6.16438.327-0.76550.3451-0.53830.45230.40340.01161.5802-0.51950.04730.6888-0.00360.07210.5835-0.02720.578328.829219.674948.6374
62.9808-2.23293.00274.0989-4.91227.60680.3210.3664-0.0930.0102-0.4656-0.1690.49650.98030.13960.5686-0.0973-0.05360.56350.07330.516338.773111.599320.636
71.17522.2177-1.59885.6316-2.37553.43680.4661-0.00810.2158-0.1339-0.2260.5152-0.9636-0.3516-0.12070.59090.0580.0410.52340.04260.454729.763728.34230.6415
80.98280.32050.03083.04960.75361.50280.1838-0.08250.00020.3542-0.1669-0.0335-0.02260.15680.07680.3977-0.0752-0.01220.50630.05740.462335.776521.564919.9901
92.40420.3093-0.4493.2671-1.92171.107-0.19660.33180.3712-0.0427-0.05330.0587-0.3583-0.6615-0.00140.73420.0345-0.01040.62160.04120.564128.679240.529420.7243
101.2514-0.05030.45081.634-0.90650.59920.12060.0891-0.19390.1521-0.06280.31440.19380.0347-0.02330.537-0.0629-0.01410.4930.02590.452228.571514.20619.8688
114.0445-2.05141.60582.1551-1.54771.2710.18580.08130.0158-0.3159-0.13960.08890.2133-0.1410.02130.48-0.01810.0510.58360.02210.477225.39419.145612.1559
120.62950.3798-0.10727.0905-8.28622.01040.520.3265-0.2291-0.4385-0.0833-0.72780.48520.79380.24260.76260.0205-0.03810.61580.00240.754140.70364.177524.445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -2:6)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 7:33)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 34:44)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 45:64)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 65:75)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 90:101)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 102:114)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 115:175)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 176:226)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 227:249)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 250:263)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 264:269)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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